由于目前没有特效的抗病毒药物，尖锐湿疣的治疗必须采用综合治疗。
治疗原则，注意患者是否同时有淋球菌、衣原体、支原体、滴虫、霉菌等病原体感染，如有应同时治疗。患者配偶与性伴若有尖锐湿疣或其他性病，应同时治疗。治疗期间避免性生活。
一般只要坚持规则的综合治疗都可治愈。
1、手术疗法
对于单发、面积小的湿疣，可手术切除;对巨大尖锐湿疣，可用Mohs氏手术切除，手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净。
2、冷冻疗法
利用-196℃低温的液体氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落，本法适用于数量少，面积小的湿疣，可行1-2次治疗，间隔时间为一周。
3、激光治疗
通常用CO2激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣，本疗法最适用女阴、阴茎或肛周的湿疣。对单发或少量多发湿疣可行一次性治疗，对多发或面积大的湿疣可行2-3次治疗，间隔时间一般为一周。
4、电灼治疗
采用高频电针或电刀切除湿疣。方法：局部麻醉，然后电灼，本疗法适应数量少，面积小的湿疣。
5、微波治疗
采用微波手术治疗机，利多卡因局麻，将杆状辐射探头尖端插入尖锐湿直达疣体基底，当看到就体变小、颜色变暗、由软变硬时，则热辐射凝固完成，即可抽出探头。凝固的病灶可以用镊子挟除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。
6、β-射线治疗
我们应用β-射线治疗尖锐湿疣取得了较为满意的效果，该方法疗效高，无痛苦、无损伤、副作用少，复发率低，在临床上有推广价值。
7、药物疗法
(1)足叶草脂
本疗法适用湿润区域的湿疣，例如发生于包皮过长而未曾作包皮环切除手术的龟头及会阴部的湿疣。但对宫颈尖锐湿疣不能用足叶草脂治疗。用20%足叶草脂酊剂涂到皮损处或用药前，先有油质抗菌药膏保护皮损周围的正常皮肤或粘膜 ，然后涂药，用后4-6小时，用30%硼酸水或肥皂水清洗，必要时3天后重复用药，该药是国外用于本病治疗的首先药，一般用一次可愈。但有很多缺点，如对组织破坏性大，使用不当可引起局部溃疡。毒性大，主要表现为恶心、肠梗阻、白细胞及血小板减少，心动过速、尿闭或少尿，故使用时必须谨慎，发现上述反应时，应立即停药。
(2)抗病毒药
可用5%酞丁胺霜剂，或用0.25%疱疹净软膏，每日2次，外涂。无环鸟苷口服，每日5次，每次200mg，或用其软膏外用，α-干扰素每日注射300万单位,每周用药五天。或干扰素300万单位注入疣体基部，每周2次。连用2-3周，主要副作用为流感样综合症，局部用药副作用较少且轻微。
(3)腐蚀剂或消毒剂
常用有30%-50%三氯醋酸或饱和二氯醋酸，或18%过氧乙酸。用10%水杨酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸馏水100ml混合溶液，点涂局部，用于龟头、肛周湿疣，每日或隔日一次，效果甚好。消毒剂可用20%碘酊外涂，或2.5-5%碘酊注射于疣体基部，每次0.1-1.5ml，或用新洁尔灭外涂或以0.1-0.2%外敷，后者需配合全身疗法。