软疣是一种自FE性疾病，典型的单个损害多在2个月内消退，如果不治疗整个病程通常可持续6—9个月也有持续数年者。当诊断出软疣的时候，一定要积极的进行治疗。软疣的治疗方法分为西医和中医治疗。
西医治疗软疣的方法
局部治疗
(1)在无菌条件下，挑破传染性软疣的顶端，可见到乳酪样的软疣小体，然后用镊子轻轻挤出。或直接用小镊子夹住疣体将其拔出，而后涂2%-2.5%碘酊，压迫止血即可。数目多者，皮损消毒后，将软疣刺破，涂以5%-10%碘酊，每日1次，可在7天内干涸脱落。
(2)酞丁安霜具有抗病毒的作用，以之涂于疣体表面，每日2～3次，连用3周。如疗程结束后软疣仍不能消除，要刮除或拔出。
(3)1%的5-氟尿嘧啶溶液外用，每日2～3次，连用2周。用时以棉签蘸药液少许，直接点于疣体的顶端。
(4)0.1%的维生素A酸溶液外用，每日2次，连用2周。要注意保护周围皮肤。
(5)70%苯酚酒精局部外用，用吸有药液的小针管，对准皮损逐个点药，点于疣体中央。一般一个疣体点2次即可，10天后皮损可自行脱落。
(6)液氮冷冻，用冷冻器将液氮喷于疣体表面，解熔3次即可。一般1周后疣体脱落。
(7)灭菌竹签蘸少许浓来苏水直接点涂软疣表面。较大皮疹，夹出软疣小体再行治疗。10天后复点一次。
(8)99%冰乙酸15ml加入20g食用面粉中，拌匀成糊状，外涂于疣体。
一般不需全身用药，若皮疹过多可采用以下办法：
1、抗病毒：①病毒唑0.2，日2次肌注;②聚肌胞2mg，隔日1次肌注;③病毒灵0.2，甲氰咪胍0.2，口服每日3次。
2、促进免疫：左旋咪唑50mg，1日3次口服，连用3天，间歇11天。
中医治疗软疣的方法
(1)取雄黄少许，兑入白酒中，涂于疣体表面。每日1次，连用5天。
(2)百部酊。百部30g兑入75%的酒精100mL中浸泡1周后，用其液涂于疣体表面。每日2次，连用10天。
(3)红花30g，补骨脂10g，干姜10g，吴萸15g，樟脑10g，生半夏30g;用75%的酒精1000mL浸泡1周，滤渣后即可外用于患处。每日2次，连用10天。
(4)马齿苋30g，苍术10g，蜂房10g，苦参10g，雄黄10g;水煎液待温，擦洗患处。这种方法适宜于皮损泛发有瘙痒者，或继发湿疹化者。
(5)鸦胆子40g，连壳打碎，然后装瓶加入80mL水，煮沸，取液40mL。用时以棉签点于疣体上。
(6)板蓝根30g，芒硝10g，红花10g，生薏仁30g，马齿苋30g，水煎服。本方有清热解毒抗病毒的作用，对于皮损泛发者特别实用。
(7)马齿苋30g，蒲公英30g，水煎洗浴患处。每日1次，每次20分钟。