由于目前没有特效的抗病毒药物，尖锐湿疣的治疗必须采用综合治疗。主要包括治疗诱因：(白带过多，包皮过长、淋病)。提高机体免疫力。应用抗病药物。一般只要坚持规则的综合治疗可以达到临床痊愈，但复发几率95%以上。
1、手术疗法 对于单发、面积小的湿疣，可手术切除;对巨大尖锐湿疣，可用Mohs氏手术切除，手术时用冷冻切片检查损害是否切除干净，单一手术复发几率很高。
2、冷冻疗法 利用-196℃低温的液体氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进疣组织坏死脱落，本法适用于数量少，面积小的湿疣，可行1-2次治疗，间隔时间为一周,这种方法一般可以清除疣体，容易复发。
3、激光治疗 通常用CO2激光，采用烧灼法治疗尖锐湿疣，本疗法最适用女阴、阴茎或肛周的湿疣。对单发或少量多发湿疣可行一次性治疗，对多发或面积大的湿疣可2-3次治疗，一般在复发周期20天-3个月。
4、电灼治疗 采用高频电针或电刀切除湿疣。方法：局部麻醉，然后电灼，本疗法适应数量少，面积小的湿疣，这种方法只是清除疣体。
5、微波治疗 采用微波手术治疗机，利多卡因局麻，将杆状辐射探头尖端插入尖锐湿直达疣体基底，当看到疣体变小、颜色变暗、由软变硬时，则热辐射凝固完成，即可抽出探头。凝固的病灶可以用镊子挟除。为防止复发，可对残存的基底部重复凝固一次。
6、β-射线治疗 我们应用β-射线治疗尖锐湿疣取得了较为满意的效果，该方法疗效高，无痛苦、无损伤、副作用少，复发率在85%以上，在临床上有一定推广价值。
7、药物疗法 常用足叶草酯(尤脱欣、鬼臼毒素、疣迪)、抗病毒药、腐蚀剂或消毒剂、抗癌药。
8.免疫疗法 自体活菌疫苗免疫疗法，干扰素诱导剂，干扰素、白介Ⅱ，卡介素、灵杆菌素等