由于目前没有特效的抗病毒药物，尖锐湿疣的治疗必须采用综合治疗，常用的手术及其他物理疗法去除疣，并辅以多种药物综合治疗。
(1)足叶草酯-尤脱欣、鬼臼毒素、疣迪
本疗法适用湿润区域的湿疣，例如发生于包皮过长而未曾作包皮环切除手术的龟头及会阴部的湿疣。但对宫颈尖锐湿疣不能用足叶草脂治疗。用20%足叶草酯酊剂涂到皮损处或用药前，先有油质抗菌药膏保护皮损周围的正常皮肤或粘膜 ，然后涂药，用后4-6小时，用30%硼酸水或肥皂水清洗，必要时3天后重复用药，该药是国外用于本病治疗的首先药，一般用一次清除疣体。但有很多缺点，如对组织破坏性大，使用不当可引起局部溃疡。毒性大，主要表现为恶心、肠梗阻、白细胞及血小板减少，心动过速、尿闭或少尿，故使用时必须谨慎，发现上述反应时，应立即停药。
(2)抗病毒药
可用5%酞丁胺霜剂，或用0.25%疱疹净软膏，每日2次，外涂。无环鸟苷口服，每日5次，每次mg，或用其软膏外用，α-干扰素每日注射300万单位,每周用药五天。或干扰素300万单位注入疣体基部，每周2次。连用2-3周，主要副作用为流感样综合症，这种方法复发几率很高.
(3)腐蚀剂或消毒剂
常用有30%-50%三氯醋酸或饱和二氯醋酸，或18%过氧乙酸。用10%水杨酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸馏水100ml混合溶液，点涂局部，用于龟头、肛周湿疣，每日或隔日一次，效果甚好。消毒剂可用20%碘酊外涂，或2.5-5%碘酊注射于疣体基部，每次-1.5ml，或用新洁尔灭外涂或以0.1-0.2%外敷，后者需配合全身疗法，清除疣体还是不错的。
(4)抗癌药
① 5-氟脲嘧啶-5-F u
一般外用5%软膏或霜剂，每日2次，3周为一疗程。2.5%~5%氟脲嘧啶湿敷治疗阴茎、肛周尖锐湿疣，每次敷20分钟，每日一次，6次为一疗程。也可用聚乙二醇作基质，加入占其干质5%的5- F u粉剂制成栓剂，治疗男女尿道内尖锐湿疣，也可用5- F u基底注射，多者可分批注射。
② 噻替哌
主要用于5-F u治疗失败的尿道内尖锐湿疣，每日用栓剂(每个含15mg)，连用8天，也可将本品60mg加入10-15ml消毒水中，每周向尿道内滴注，保持半小时，副作用有尿道炎。亦可用本品10mg加入10ml浸泡患处，每日3次，每次半小时，治疗阴茎、龟头冠状沟湿疣，主要用于经其它方法治疗后，尚有残存疣体或复发者。也可将此溶液再稀释两倍浸泡局部，以预防复发。
③ 秋水仙碱
可用2-8%的生理盐水溶液外涂，涂两次，间隔72小时治疗阴茎湿疣，涂后可出现表浅糜烂。尖锐湿疣药物种类繁多，治疗机理各不相同，使用不当反会加重肝脏负担，因此应该选择性应用。在应用抗病毒药的同时，还应注意查明导致肝，肾功能不良的副作用，标本兼治，才能达到保护身体健康、清除体内病毒的目的。