尖锐湿疣的治疗，除应用手术、物理疗法去除疣，还应应用多种药物联合治疗，同时可采用免疫治疗的方法。
自体活菌疫苗免疫疗法
方法采用手术切取患者自身1～2粒新鲜疣，将病原疣体(HPV病毒)及其代谢产物，经过人工减毒、灭活或利用基因工程等方法制成的用于治疗尖锐湿疣的自动免疫抗毒制剂。保留了病原菌刺激免疫系统抗病毒的特性。让自身免疫系统便会产生一定的保护物质;产生主动清除病毒能力，达到临床治疗痊愈的目的，当再次接触到这种病原菌时，人体的免疫系统便会依循其原有的记忆，制造更多的保护物质来阻止病原菌的伤害。结果临床应用4605例，少则1～2周，疣体全部消失，不留痕迹。疗效明显而持久，术后6个月至3年随访，无1例复发。
干扰素诱导剂
可用聚肌胞及梯洛龙。聚肌胞每日注射2ml，连用10天，停药1-2月后，再继续用药。梯洛龙每日3次，每次 mg，停药4天，或隔日口服600mg。
干扰素、白介Ⅱ，卡介素、灵杆菌素，利百联合应用，疗效较佳，一般复发几率很高。