尖锐湿疣激光手术术前嘱患者自行清洁肛门、外阴或龟头等部位，同时剃除阴毛。女性患者最好在月经过后3～7天手术。手术取膀胱截石位，对肛门部位可取膝胸卧位。术前常规用0.1%新洁尔灭液消毒外阴及病损区，详细识别和寻找微小病损区，以免漏遗复发。
对较小的尖锐湿疣，CO2激光汽化炭化，注意输出时间或功率，输出功率大、时间长，皮肤损伤重。较大尖锐湿疣，CO2激光直接由基底部切割。由于较大尖锐湿疣在CO2激光治疗时极易出血(主要是尖锐湿疣血供丰富)，影响激光作用，常常给治疗带来困难，甚至无法治疗，出血不多直接对较大湿疣体汽化，连续性。出血量多的尖锐湿疣，用Nd：YAG插入尖锐湿疣基底部切割。术者左手用无菌纱布保护，并用湿纱布擦尽病灶，激光汽化炭化残余湿疣组织。
阴道壁治疗CO2激光汽化炭化较好，Nd：YAG光纤治疗阴道内应与阴道壁平行，插入深度要慎重，更应注意输出激光功率及时间。CO2激光与Nd：YAG激光光波不同，在相同单位时间输出同等功率损伤组织轻重不同。光纤输入激光以与皮肤平行较好，垂直插入过深时损伤较重，往往易穿入皮内或皮下组织。激光手术中要仔细认真，不能对任何一点病灶有遗漏，特别是粘膜皱襞区。治疗的同时寻找感染源。如属接触性感染，是夫妇者应同时治疗，单方治疗易再感染。