尖锐湿疣激光手术术前局部定期换药，口服消炎抗菌药物及抗病毒药物治疗。术后手术灶用红汞或龙胆紫液涂擦，保持局部干燥。勤换内裤，每天用1%利凡诺液或新洁尔灭液清除手术后分泌物。
近几年来在临床中常用二氧化碳(CO2)激光器治疗尖锐湿疣。但由于二氧化碳激光治疗时的压强作用，尖锐湿疣往往产生溅射。在溅射物及治疗时产生的烟雾中可有存活的湿疣病毒，导致术者感染发病。因而对很少的尖锐湿疣低功率炭化，对大的瘤体性尖锐湿疣以Nd：YAG光纤平行皮肤插入基底做切割式治疗最理想，特别是血供丰富出血量大的尖锐湿疣瘤比二氧化碳治疗更理想。
术后配合常规服用消炎药及多簇维生素类，同时服抗病毒药物辅助治疗以巩固疗效。手术后一月定期复查一次，连续三月复查未见再发者方可。
对于男性尖锐湿疣激光治疗。由于男性感染尖锐湿疣其病理、病因与上述相同。治疗中对发病较轻的，尖锐湿疣以施表皮下麻醉;对肿块性巨大尖锐湿疣以阴茎根部麻醉。由于瘤块样尖锐湿疣二氧化碳激光切割时间长，散射组织多，易形成病毒传播。故采用Nd：YAG沿基底部插入治疗，但要注意保护包皮系带，损伤后易造成功能障碍，使阴茎勃起困难。包皮过长者应同时切除。由于过长包皮在小便后易使龟头潮湿，病毒细菌易于生存，造成龟头炎。而且包皮过长在尖锐湿疣激光术后使愈合延迟。