尚无根除尖锐湿疣的方法，治疗原则为去除外生疣体，改善症状和体征。局部药物治疗用药前，局部涂以1%的丁卡因行表面麻醉以减轻疼痛。物理或手术治疗物理治疗有微波、激光、冷冻。微波是在疣体基底部凝固，因其为接触性治疗，可适用于任何部位尖锐湿疣。
激光适用于任何部位疣及难治疗、体积大、多发疣。冷冻适用于疣体较小及病灶较局限者。巨型尖锐湿疣可用微波刀或手术切除。对反复发作的顽固性尖锐湿疣应及时取活检排除恶变。
1.除去病因治疗原发性皮肤病。
2.局部疗法先去脓痂(可用3%过氧化氢液浸泡、杀菌性溶液湿敷或植物油浸软后除痂)，刺破脓疱(周围正常皮肤可用75%乙醇涂搽保护)，吸去内容物，然后选用呋喃西林、新霉素、利凡诺等所配制的溶液、洗剂、油剂、糊剂或软膏外用。中药可用1∶2000黄连素液湿敷或用四黄散或青黛散调油外用。
3.全身疗法对重症伴有发热或淋巴结炎者给予磺胺类、抗生素或内服五味消毒饮、四黄汤。新生儿脓疱病应及早选用对葡萄球菌敏感的抗生素，并予富营养易消化饮食，补充维生素等。
中药内服：治宜清热解毒，养血活血，软坚散结，方用治疣汤。若风热湿毒较重者，可加土茯苓、薏苡仁、骊齿苋、白花蛇舌草;若肝虚血燥，筋气不荣者，可加珍珠母，可加珍珠母、白芍、生牡蛎、赤小豆;若肾阴亏虚，肝血不足者，改用归芍地黄汤加川芎、牛膝。
西医内治法：以下方法可任选一种：①病毒录0.1g，每日3次口服;②乌洛托品0.3g～0.6g，每日3次口服;③10%水杨酸铋油2ml肌注;④1%酒石酸锑钾3～5ml，静注，每周2次;⑤干扰素2～5ml，肌注，每周1次。