呼吸系统疾病病原学检查作用
1 它能确定有无肺部感染;
2 通过明确病原体，确立肺部感染诊断;
3 通过病原体培养，药敏试验，判断细菌的耐药性，并指导临床医生合理使用抗生素;
4 通过比较前后病原学的检查结果，判断抗生素的治疗效果。
一、人体主要的正常菌群
口腔的正常菌群;鼻咽腔的正常菌群;咽喉的正常菌群。
二、呼吸道感染病原菌的变迁和复杂化
40～50年代，肺炎致病菌中有85～90%为肺炎链球菌，对青霉素敏感性高。至60年代，金葡菌感染的比率增加。近30余年，肺炎链球菌的比例不断下降，而G-杆菌肺炎显著增加，器官移植、艾滋病及其他免疫抑制或免疫缺陷病人除常见病原体感染外，尚可见许多特殊病原体，如卡氏肺孢子虫、巨细胞病毒、弓形体、隐孢子虫、隐球菌、奴卡菌、鸟型分支杆菌等。过去仅感染于动物的某些病原体，现在也可感染人。肺真菌、病毒、支原体、衣原体的感染也有上升趋势。
标本采集
(一)痰液标本采集
常用方法是收集标本前，让患者用清水或生理盐水嗽口数次，再用3%的双氧水漱口一次，以便去除口腔内的寄生菌，再让患者用清水或生理盐水漱口数次，再用3%的双氧水漱口一次，以便去除口腔内的寄生菌，再让患者用力咳出深部的痰液，盛于无菌容器内立即送检。
口痰标本的收集
作结核杆菌检查时，宜留取12h～24h痰液，经漂浮浓集后涂片作抗酸染色或结核杆菌培养检查。对无痰或少痰患者，可采用气溶法进行导痰。目前常用超声雾化吸入生理盐水或15%盐水加20%丙烯乙醇溶液，使气管内痰液稀释，易于咳出。另外，痰液标本的采集以晨痰为佳，因为此时患者咳出的痰液较多，其中细菌含量也较高。
咽拭子取痰
标本采集前数小时不得用消毒药物漱口或涂抹病灶局部。用棉拭子采集咽喉部的痰液标本时小心、准确，避免触及舌、口腔粘膜和唾液，以防污染。取得标本后应立即送检。咽拭子发现多量的肺炎链球菌、流感杆菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯杆菌等致病菌时，常考虑可能有感染存在经环甲膜穿刺吸痰方法是借套管针自环甲膜插入消毒塑料管抽吸痰液或分泌物，作病原体培养，由于不受口咽部病原体的污染，因此它可较准确地反映下呼吸道和肺部感染的真实情况。该方法简便实用，阳性率高，假阳性率约20%，定量培养可区别假阳性。但该法有轻微创伤。并发症包括皮下气肿、气管内出血，但发生率极低，且不严重。有出血倾向、凝血机制障碍者及严重心血管疾病者禁用。
经纤维支气管镜采集痰液标本
主要是通过对常规纤维支气管镜检查加以改进，使用具有防污染功能的特殊器具来采集下呼吸道分泌物，并对样本加以比较精细的实验室处理，以提高病原学诊断的敏感性与特异性。
经纤维支气管镜采集痰液标本
保护性标本刷(protected specimen brush, PSB)。将PSB从纤维支气管镜拔出后，经无菌处理并稀释后，取原液和稀释液分别接种于不同的培养基，再根据菌落数和稀释倍数推算原液细菌浓度。用PSB采样所得菌量>103CFU/ml，对未经抗生素治疗的患者有病原学诊断意义，而<103CFU/ml则可见于混合感染，已用抗生素治疗的患者，或者为标本污染。