目前尚缺乏特殊实验室检测手段赖以确诊母乳性黄疸，只能先将各种引起新生儿黄疸的病因如母婴ABO血型不合、败血症、窒息、先天性甲状腺功能低下、半乳糖血症及遗传性葡萄糖醛酸转移酶缺乏症等少见病进行逐一排除后，才能作出母乳性黄疸的临床诊断。因这些少见的病理性黄疸大都在24小时内出现重度黄疸，而母乳性黄疸是在3至8天出现的且为轻、中度黄疸。
一、早发型高未结合胆红素血症
头颅血肿及其他皮下出血
此时红细胞遭破坏，使胆红素增加而发生高胆红素血症，头颅血肿越大，皮下出血越多，黄疸越重，且持续时间越长，根据所见血肿等可与母乳性黄疸鉴别，若二者重叠时黄疸更重。
药物引起的黄疸
催产素引产分娩是引起高胆常见的原因，一般用量2.5U以上就有促使高胆发生的危险性，另外母亲用安定，异丙嗪，新生儿用水合氯醛可使未结合胆红素增高，可根据相应用药史与母乳性黄疸鉴别。
新生儿败血症
本病的症状无特征性，常见精神差，吃奶差或拒食，黄疸加重等，当黄疸是惟一的表现时需与母乳性黄疸鉴别，新生儿败血症黄疸出现时间及高峰时间与感染疾病的发展有关，一般有感染中毒症状，7天内发病者，病史可有胎膜早破，羊水混浊发臭，胎儿窘迫，孕妇发病史或新生儿有局部感染史，7天以后发病者，可能使生理性黄疸消退延迟或黄疸消退后又复现，加重，若有前驱感染征象如肺炎或其他感染灶同时伴随症状，应首先考虑败血症而做相应实验室检查，如白细胞计数及分类，明显增高或显著降低利于败血症的诊断，血培养局部感染灶分泌物培养和涂片找细菌，即可诊断及治疗。
二、迟发型黄疸(或迁延性黄疸)
新生儿肝炎
大多因病毒通过胎盘传给胎儿或通过产道被感染，以肝炎，巨细胞病毒多见，其他如风疹，单纯疱疹，柯萨奇病毒及弓形虫，梅毒等，还应警惕输血或血液制品引起丙型肝炎，新生儿肝炎一般起病缓慢而隐匿，常在生后数天或3～4周渐见黄疸，持续加重或在生理性黄疸消退又再度出现黄疸，与母乳性黄疸鉴别困难，但其常伴有呕吐，厌食，体重不增或下降，黄疸重时皮肤颜色深而暗黄，粪便色浅或灰白，尿色深黄，肝脏轻或中度肿大，肝功能检查有明显变化，可做鉴别，轻症时则需做血清学检查或病毒分离与母乳性黄疸鉴别。
甲状腺功能低下症
此症在新生儿期无特异性临床表现，部分患儿因肌张力低，肠蠕动慢而首次胎便排出时间延长，甚至发生便秘而影响胎便排出。致胆红素肝肠循环增加而加重生理性黄疸，加上患儿肝脏葡萄糖醛酸转移酶成熟延迟，使生理性黄疸持续时间延长，与母乳性黄疸相似，因此生理性黄疸持续时间延长。无论有无伴随症状，在未开展甲低筛查的地区应做甲壮腺功能检查以确诊。
关于母乳性黄疸的治疗方法为暂停母乳喂养3天改为人工喂养，奶量以150ml/kg.d计算。暂停母乳期间，应用吸奶器将母乳吸出，以保持乳汁充分分泌，提供黄疸消退后继续母乳喂养。同时给予支持疗法,注意保暖，增加热量、营养;鼓励乳母多次少量喂奶，增加患儿大便次数。严重者给以保肝、酶诱导剂等药物治疗。