色素绒毛结节性滑膜需要与可发生关节肿胀。关节积液。关节骨破坏的关节疾病相鉴别。色素绒毛结节性滑膜炎的软组织肿胀呈密度较高的结节状。且以关节腔内为主。无骨质疏松。骨缺损边缘硬化。关节间隙保持正常有助于与关节结核。滑膜炎。滑膜肉瘤。类风湿性关节炎等疾病的鉴别。钙化多见于结核。滑膜肉瘤。但也不可完全排除色素绒毛结节性滑膜炎。应该把钙化放在所有征象中综合分析。这样才能减少误诊。
①夏科氏关节：早期都出现关节肿胀。积液。无痛等。但多数有外伤史。关节畸形较严重。X线所见新骨形成。骨端瓦解。关节面破坏。关节脱位等骨关节损害与临床症状极不相符。
②滑膜肉瘤：二者均有软组织肿块。钙化。骨质破坏。但滑膜肉瘤发展快。病程短。剧痛。骨质破坏呈溶解性。无硬化边缘。
③滑膜结核：二者均有关节周围组织肿胀。关节面破坏。关节间隙早期增宽晚期狭窄。其不同点结核有明显骨质疏松。关节面破坏累及两侧。无硬化之边缘。软组织中无肿块影。
④类风湿性关节炎单关节型：多见于肘。腕。膝。指关节。关节肿胀。软组织增厚。疼痛不甚明显。较早出现骨质疏松。关节间隙变窄甚或虫蚀样破坏。关节穿剌为透明液。