1、药物治疗
真菌性角膜炎如果要通过药物进行治疗，则需局部使用抗真菌药，如果病情较重，可增加其它给药方式，比如结膜下注射，或者是全身使用抗真菌药物。抗真菌药物起效慢，因此需仔细观察临床体征评估疗效，药物治疗应至少持续6周。
2、手术治疗
真菌性角膜炎的治疗即使能够做到诊断明确、用药及时，但仍有相当部分患者的病情可能是无法控制的，应该是和致病真菌侵袭性、毒性、耐药性以及患者伴发的炎症反应强烈有关。
通常可能会考虑手术治疗，并且在术后还需注意选用敏感的、毒性较低的抗真菌药物治疗，以防止术后感染复发，是常见的真菌性角膜炎治疗方法。