泌尿系结核多为继发性，原发灶多在肺内。结核主要侵犯肾，然后蔓延至输尿管和膀胱，多为单侧。
(一)肾结核 结核菌经血行播散到肾，于肾乳头形成干酪样溃疡。继续发展形成脓腔，溃破入肾盏则引起肾盂肾盏或尿路结核。病变可累及整个肾，形成多数干酪样溃疡脓腔。肾盂或肾盏可广泛破坏并逐渐产生结缔组织增生而引起狭窄和闭塞。肾盂内如积存大量干酪样脓性物质即成为肾盂积脓或结核性脓肾。干酪样物质可以钙化。全肾广泛破坏最后形成全肾钙化且肾功能丧失，称为肾自截。带菌之尿液可累及输尿管膀胱，形成粘膜炎症与溃疡，引起纤维结缔组织增生，造成管腔缩小，管壁增厚僵硬，膀胱结核最后形成膀胱挛缩。
结核性病变累及肾盂肾盏可出现血尿，进一步佷输尿管和膀胱时遇出现尿频、尿急、血尿，有时为脓尿。全身症状有低热、乏力或贫血。镜下尿可见红细胞及脓细胞。特殊涂片、培养心脏动物接种，发现结核杆菌阳性率高达80%。
X线平片上，早期肾外形正常，晚期肾内可见钙化。钙化可为云絮状、环形或花瓣状。全肾致密钙化、肾影增大或缩小，为肾自截的表现。
静脉尿路造影，初期患侧肾功能可正常，进而其排泄功能减退，肾盂影像浅淡。此等改变多在注药后5-10min以内显示。10min后，病变区肾盏浓度提高。肾结核初期表现为肾小盏顶端穹窿部圆钝且边缘不齐如虫蚀状，溃疡空洞与肾盏相通时，可见一团造影剂与肾盏相连或位于肾盏外之皮质内，其边缘不整齐，密度不均匀，相应肾盏的边缘常不整齐或变形狭窄。肾盂肾盏广泛破坏或形成肾盂积脓时，排泄性尿路造影常不显影或显影延迟浅淡，边缘不整齐。逆行肾盂造影可见肾盂肾盏变成一个扩大而不规则的腔。有时可见肾盏狭窄或闭塞。
(二)输尿管结核 输尿管壁增厚、弹性消失、局部纤维化，形成瘢痕和狭窄。静脉尿路造影表现为输尿管不规则狭窄与扩张，似念珠状，边缘呈“虫咬样”，晚期则见输尿管缩短、硬化、呈“喇叭管”状，最后发生闭塞。
(三)膀胱结核 多由尿路结核下行感染引起。早期改变多发生在膀胱输尿管交界处。静脉尿路造影可见局部有模糊的充盈缺损及痉挛收缩。病变广泛时，则有明显的膀胱痉挛，最后挛缩，容量减少。膀胱造影呈典型的小膀胱，同时常伴输尿管膀胱交界处括约肌关闭不全，出现尿液反流现象。