1)肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗病变
肛旁脓肿发生时，由于病灶组织炎症水肿，往往不能准确寻找到感染源并予以根除，即在肛门或直肠腔内有一固定感染来源即内口。肛门直肠周围脓肿破溃或切口多在肛门外，脓液从外口流出，但原发感染灶多在内口——肛窦。肛窦则是继续感染的门户，因为肛窦开口向上，又开放在直肠腔内，细菌和肠内容物均可经肛窦进入脓腔，造成反复感染，同时病灶位于肛门括约肌内，括约肌的舒张和收缩会影响脓液的排出，感染使炎症组织纤维化形成瘘道。
2)多年未治或误治有癌变可能
肛瘘常伴有程度不同的肛旁肿痛溃破流脓病史，形成肛瘘后，这种肛旁肿痛流脓会不定期反复发作，脓液若流出不畅，局部和全身会表现出急性化脓性感染的症状。肛瘘的多次反复发作，脓液可穿破管壁顺括约肌间隙蔓延而成多发性、复杂性肛瘘，不但给治疗带来困难，而且也影响到肛门的生理功能。肛瘘的多发性，可形成直肠阴道瘘、直肠尿道瘘和直肠膀胱瘘，危及周围脏器，并且多年未治或误治的肛瘘有癌变的可能。只有通过手术(包括挂线)治疗才能达到治愈目的。