门静脉高压发病机制较复杂，不同的原因可通过不同的途径引起门静脉高压，理论上讲，门静脉压力增高是由于门静脉血流阻力增加和血流量增加所致，下腔静脉压力也可影响门静脉血流阻力，但在正常人体，门静脉-肝静脉循环有高度的顺应性，它能耐受巨大的血流变化而使门静脉压力变化很小，故门静脉高压首先是由血流阻力增加引起的，一旦门静脉高压出现，门静脉血流量增加是维持或加剧慢性门静脉高压的一个重要因素，血流阻力增加可发生于门静脉和肝静脉系统的任何部位，由于门静脉及其属支均缺乏瓣膜，无论肝内，肝外门静脉阻力增加均可使门静脉系统压力普遍升高，从而引起一系列血流动力学改变和临床表现，血流阻力与血液黏稠度和血管的长度呈正比，与血管半径的四次方呈反比。
根据上述病理生理学变化可见门静脉高压的形成有原发因素，即门静脉系统的梗阻，是机械性的，使门静脉阻力增加，血流量减少(后向血流学说);也有继发因素即高血流动力状态，是功能性的，使内脏动脉血流增加，阻力减少(前向血流学说)，另外很多因素如神经体液，血管活性物质，药物，组织结构及功能变化等均影响门静脉血流及其阻力，现分别简述如下。
1.门静脉高压形成的结构学基础
(1)门静脉阻力增加-后向血流学说(backward flow theory)
1945年Whipple首先提出该学说，认为门静脉高压是门静脉阻力增加和门静脉血流输出道阻塞引起门静脉系统被动充血，是本病形成的基本机制，这是由于门静脉系统解剖结构所决定的，腹腔内脏小静脉与心脏之间任何部位血流阻力升高，均可导致阻塞部位以下的肠侧静脉压力升高，阻力增加的因素可以是固定的不可逆的，也可以是功能性的，可逆转的，其影响因素，根据其发生的解剖部位分为肝内，肝外静脉阻力增加，分述如下：
①肝内微循环障碍
肝硬化时由于肝组织结构的病理变化是导致肝内循环障碍的基础，肝脏微循环是指以窦状隙为中心，包括流入窦状隙的门静脉，肝动脉末梢支及其流出窦状隙的肝静脉末梢支，窦状隙在肝内是呈细网状，分支众多的毛细血管网，窦壁由内皮细胞，肝巨噬细胞，贮脂细胞，陷窝细胞及少量网状纤维，神经纤维构成，根据其肝循环障碍发生部位的不同又分为窦型，窦前型，窦后型3种。