慢性淋巴细胞性甲状腺炎目前无特殊治疗方法，原则上一般不宜手术治疗，临床确诊后，应视甲状腺大小及有无压迫症状而决定是否治疗。如甲状腺较小，又无明显压迫症状者，可暂不治疗而随访观察，甲状腺肿大明显并伴有压迫症状时，应进行治疗。
1.非手术治疗
(1)甲状腺素治疗
甲状腺肿大明显或伴有甲减时，可给予甲状腺素治疗，可用L-T4或甲状腺粉(片)。一般从小剂量开始，甲状腺素片40～60mg/d，L-T4 50～100μg/d，逐渐增加剂量分别至120～180mg/d或100～200μg/d，直至腺体开始缩小，TSH水平降至正常。
(2)抗甲状腺治疗
桥本甲亢应给予抗甲状腺治疗，可用甲巯咪唑(他巴唑)或丙硫氧嘧啶(PTU)治疗，但剂量应小于治疗Graves病时的剂量，而且服药时间不宜过长。如为一过性的甲亢(临床表现型)，可仅用β受体阻滞药，如普萘洛尔(心得安)或美托洛尔(倍他乐克)进行对症治疗。
(3)糖皮质激素治疗
亚急性起病，甲状腺疼痛和肿大明显时，可用泼尼松(强的松)(15～30mg/d)治疗，症状好转后逐渐减量，用药1～2个月。糖皮质激素可通过抑制自身免疫反应而提高T3、T4水平。但泼尼松疗效不持久，停药后常易复发，如复发疼痛可再次使用泼尼松。但对甲减明显的病例，一般不推荐使用激素。
2.手术治疗
CLT确诊后，很少需要手术治疗。许多CLT的手术都是临床误诊为其他甲状腺疾患而进行的。有报道研究手术治疗CLT的效果，发现手术组临床甲减和亚临床甲减发生率为93.6%，而非手术组的发生率为30.8%，表明手术加重了甲状腺组织破坏，促进了甲减发生，因此，因严格掌握手术指征。
(1)手术指征
①甲状腺弥漫性肿大，合并单发结节，且有压迫症状者;②单发结节为冷结节，可疑恶性变者;③颈部淋巴结肿大并有粘连，FNAC或组织活检证实为恶性病变者;④甲状腺明显肿大，病史长，药物治疗效果不佳，本人要求手术者;⑤甲状腺素治疗2～3个月无效，甲状腺缩小不明显并有压迫者。
(2)术式选择
术中应常规行冰冻切片组织活检，如证实为本病，应只行甲状腺叶部分切除或峡部切除手术，主要目的是去除较大单发结节，以解除压迫。应尽量保留可修复性的甲状腺组织。如经病理确诊合并了恶性肿瘤时，应按甲状腺癌的处理原则治疗，行全甲状腺切除或近全甲状腺切除。近年许多人主张CLT合并甲状腺癌时，可行甲状腺次全切除术，即甲状腺癌患侧叶全切除，加对侧叶次全切除和峡部切除术。如发现并证实有颈部淋巴结转移时，可行改良式颈部淋巴结清扫术。