中医认为亚急性甲状腺炎是外感风热，疫毒之邪，内伤七情所致，由于风热、疫毒之邪侵入肺卫，至卫表不和而见恶寒、发热、出汗、咽干而痛、周身酸楚、怠倦乏力等，风热挟痰结毒，用之于颈前，则见瘿肿而痛，结聚日久易致气血阻滞不畅，导致痰瘀毒邪互结，气郁化火，肝火上延，扰乱心神可见心悸、心烦，肝阳上亢，阳亢风动可见双手颤抖、急躁易怒等，肝失疏泄，冲任失调，故女子可见月经不调，经量稀少等。若反复不愈，病程日久者可出现阴盛阳衰之症，如怕冷、神疲懒动、生地懒言、虚浮等症。
明代《医学入门·脑颈门·瘿瘤》指出“原因忧恚所致”。《太平圣惠方·瘿气咽喉肿塞》曰“夫瘿气呖喉肿塞者，由人忧恚之气在于胸膈，不能消散，博于肺脾故也”。《外科正宗·瘿病论》认为本病主要病理是由气、痰、瘀壅结所致，“夫人生瘿病之症，……乃五脏瘀血浊气、痰滞而成”。郁怒易伤及肝，过度思虑易伤脾，气血-脏腑-情志三者在本病的发病中有密切关系。
中医学对本病的病机强调了情志因素。肝与精神情志密切相关，肝主疏泄，协调气血运行，情志不畅，气血不和，肝气抑郁，气滞血瘀，致脾胃升降失常，脾失健运，气虚血少，水湿凝聚。主要病理是由气、痰、瘀壅结所致。因此中医对亚急性甲状腺炎的治疗分为以下几种。
(1)肝胆蕴热
治法：疏肝解郁，清热利湿。
方药：龙胆泻肝汤加减。方中柴胡、龙胆草、山栀子、川楝子疏肝解郁，泻肝胆实火;生地、黄芩滋阴凉血，清热解毒;木通、泽泻除湿利尿;当归、元胡活血散瘀，理气止痛。
(2)气滞化火
治法：行气化痰，软坚散结。
方药：导痰汤合藻药散加减。方中半夏、陈皮、竹茹燥湿化痰，降逆止呕，理气健脾;茯苓利水渗湿，宁心安神;枳实、胆南星行痰散结，熄风定惊;黄药子解毒消肿，化痰散结。
(3)阴虚内热
治法：滋阴清热，软坚散结。
方药：清骨散加减。方中柴胡疏肝解郁，解表和里;青蒿、胡黄连、知母、地骨皮滋阴降火，清热凉血，泻火解毒;贝母、甘草清热解毒，润肺止咳;必甲、牡蛎软坚散结，安神敛汗。
(4)气滞血瘀
治法：理气活血，化痰消瘿。
方药：海藻玉壶汤加减。方中半夏、贝母、连翘化痰软坚，消应散结;陈皮、青皮行气化痰;当归、川芎、赤芍活血调经。