临床上对无症状但符合原发性胆汁性肝硬化诊断的病人称为无症状原发性胆汁性肝硬化;对有瘙痒和黄疸等症状者称为有症状原发性胆汁性肝硬化。S-PBC又可细分为仅有皮肤瘙痒的S1-PBC和伴有黄疸的S2-PBC。由a-PBC向S-PBC转变占10%~20%。有时无症状原发性胆汁性肝硬化可持续数年。此外，对原发性胆汁性肝硬化与AIH重叠发病者称为混合型原发性胆汁性肝硬化。因为原发性胆汁性肝硬化有这么多类型，所以临床医学上要对原发性胆汁性肝硬化进行诊断鉴别，以免发生误诊。
原发性胆汁性肝硬化的诊断鉴别方法具体如下
原发性胆汁性肝硬化诊断鉴定碱性磷酸酶或γ 一GT显著升高过程中，有轻度升高的ALT或AST，碱性磷酸酶水平升高至正常的4～5倍或更高。生化改变常与疾病分期有关。碱性磷酸酶和GGT升高程度与胆管消失相关;转氨酶水平反映汇管区周围和小叶内坏死程度。IgM升高也是一特征。血清胆红素升高可达正常上限的2倍。随着病程的进展，血清胆红素水平可达很高水平。甘胆酸浓度也可异常升高。后期有低白蛋白血症和凝血酶原时间延长。
高胆固酵血症常见，可发生于近80%的患者。LDL中度升高，在进展期，LDL可显著升高，伴脂蛋白x的存在和HDL的显著下降。血清铜蓝蛋白和血清铜水平升高、尿铜排出增加。肝内铜积聚随胆汁淤积的病程而加重。
抗线粒体抗体(AMA)是PBC最突出的血清标志物。该抗体具有较高的敏感性，但并不特异。超过25%的自身免疫性肝炎患者也可呈AMA阳性，低滴 度AMA也可见于个别原发性硬化性胆管炎、药物性肝病。近年来发现AMA—M2敏感性和特异性更高，M2的抗原决定簇是定位于线粒体内膜的丙酮酸脱氢酶或 2-氧-酸脱氢酶复合物的组分。抗M2抗体是PBC最特异的指标，大约95%PBC患者免疫印迹法阳性。抗M2自身抗体包括高分子和低分子量的IgM形 式。在体外，其M2抗体具有抑制相应酶的催化活性。有些患者具有原发性胆汁性肝硬化的特征但AMA阴性。以前把它分类为“抗线粒体抗体阴性的原发性胆汁性 肝硬化”，但现在认为这些患者患有“自身免疫性胆管炎”，这是一种独立的疾病，和PBC有相同的病程。其他非特异性抗体包括抗核抗体(可见于20%～50%的PBC患者)、GP210和SP100抗体、类风湿因子和抗甲状腺抗体等。