典型的或晚期的原发性胆汁性肝硬化，诊断多无困难。重要的是早期原发性胆汁性肝硬化，特别是无症状原发性胆汁性肝硬化，易被忽略或误诊。应及时检查ALP、GGT、IgM以及AMA、抗M2与肝活检。
原发性胆汁性肝硬化如何进行诊断鉴别
(一)原发性胆汁性肝硬化诊断标准
1、临床发病特点
好发于中年以上女性，早期无症状或以皮肤瘙痒起病，肝内慢性淤胆(黄疸)多呈进行性发展，因伴高胆固醇血症而发生皮肤黄色瘤，常伴其他自身免疫性疾病 (Sjbgren综合征、慢性风湿性关节炎、慢性自身免疫性甲状腺炎等)，晚期表现为肝硬化、门脉高压、腹水等特征，
2、实验室检查特点
胆管系酶血清ALP、GGT等明显升高，IgM升高，血沉加快，血总胆固醇升高。
AMA是PBC特异性最高的自身抗体。无症状PBC阳性率约88.1%，有症状PBC约为92.8%。目前已知PBC病人中AMA的亚型之一抗M2 的阳性率最高，可高达95%。M2抗体是针对复合丙酮酸脱氧酶PDH亚基F2成分的抗体。用ELISA法检测，显示阳性率和效价均高。抗M2也称抗 PDH。
3.肝脏组织学特点
肝组织中，中等小叶问胆管或间隔胆管显示慢性非化脓性破坏性胆管炎或小胆管消失。因为该病变有时呈散在性，应注意取材或标本连续性切片，以提高诊断率。
(二)诊断
凡符合以下任一项目者即可诊断原发性胆汁性肝硬化
1.肝组织中显示CNSDC病变，实验室检查符合上述PBC的生化学与免疫学变化者。但少数病例也有AMA或抗M2阴性的PBC。_
2.AMA或抗M2阳性，肝内虽未见到CNSDC变化，但也未见不符合原发性胆汁性肝硬化病变者。
3.不能进行肝组织学检查，但AMA或抗M2阳性，从临床表现及病程发展考虑为原发性胆汁性肝硬化者：
原发性胆汁性肝硬化鉴别
1.继发性胆汁性肝硬化
常有肝内外胆管系统阻塞、淤胆的原因可查，如炎症、肿瘤、先天性异常等。可有发热、腹痛、AMA阴性以及B超检查等进行鉴别。
2.AIH
PBC与AIH重叠发病的混合型，以及AMA阴性、ANA阳性、ALT又较高的PBC诊断上比较困难。但PBC时AIP、GGT、IgM及血清胆固醇远比AIH时高。抗M2及肝活检更具有重要的鉴别意义。
3.原发性硬化性胆管炎(PSC)
PSC因有慢性淤胆性肝病特点，故需与原发性胆汁性肝硬化鉴别。要点是PSC好发男性，IgM不高或稍高，AMA阴性，核周围抗嗜中性白细胞质抗体 (perinuclear antineu-trophilic cytoplasmic antibody，p-ANCA)阳性。更重要的是通过ERCP及肝活检鉴别。