灰指甲中带有大量的真菌，不进行杀菌治疗，真菌会在指甲中大量繁殖，成为一个“感染源”。灰指甲里的真菌可随着搔抓而接种到身体其他部位，引起手癣、足癣、体癣、股癣等真菌感染性疾病。并且如果不治疗灰指甲，身体其他部位的真菌感染就会反复发作。女性患者还可能引起真菌性阴道炎等妇科疾病，严重威胁健康。身体带有病原菌的人不宜从事医生、护理人员、检验员、饮食服务从业者、丝绸纺织工等职业，因此灰指甲患者的职业会受到一定的限制。
灰指甲会造成指甲变色、变形，严重影响美观，有碍社交活动。特别是手指甲受累时，患者握手时会自惭形秽，感到尴尬，不愿意做亲密的动作。特别是主持人、演艺界及公关人员等需要抛头露面的职业，要求外表的美观，灰指甲会危及患者的工作。长此以往，患者会受到来自工作、婚姻、生活、社交等各方面的打击，会感到挫败感，导致情绪低落、自卑等，严重者可引发抑郁症。