引发灰指甲的真菌有很多种，最常见的有红色毛癣菌、石膏样毛癣菌、絮状表皮癣菌等。其他引发灰指甲的真菌如许兰氏毛癣菌、紫色毛癣菌、断发毛癣菌、玫瑰色毛癣菌及同心性毛癣菌也可致甲癣。此外，还有几种真菌常在甲营养不良的情况下引起甲病变，如白色念珠菌、黄曲霉菌、熏烟色曲菌等。
我们知道指(趾)甲都是很坚硬的，完好的甲板完全可以抵御任何微生物的侵袭。但为什么有那么多人会患灰指甲呢?灰指甲患者往往是先患有手癣或脚癣，真菌首先侵入指甲周围的皮肤，然后通过指甲或趾甲的生长演变，逐渐侵入甲板内，并进一步生长和繁殖，直到破坏整个甲板。如果真菌侵入甲根部，影响了指甲的生长，就会引起指甲发育不良或畸形。
一般来说这个过程是比较缓慢的，而更多的情况下甲癣的发生是由于指(趾)甲因外伤或经常搔抓而导致破损后感染真菌而引起的，例如患者有脚癣或股癣，由于瘙痒难忍常用手指甲搔抓，这样手指甲上会沾上许多病菌中的真菌。长期反复搔抓摩擦，指甲很容易有破损，从而使真菌乘虚而入引起甲病。
此外，还有一种情况容易患甲癣，即全身或局部抵抗力低下时。前者主要是指先天免疫力功能缺陷而对真菌特别易感染者;后者属于甲营养不良或甲发育异常患者。灰指甲患者95%以上都是真菌感染，引发灰指甲的真菌种类很多。
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