小儿心肌炎患者，往往先出现感冒症状，如发烧、咳嗽、咽痛、流涕、全身不适、恶心呕吐、腹痛、腹泻，有些还有关节痛、肌肉痛。慢慢地这些症状逐渐好转或消失，而心脏异常的征象开始出现：心跳加快或明显减慢，或者出现停搏，不规则。宝宝的精神萎靡、脸色苍白、无力、多汗，食欲不振或反复出现恶心呕吐，上腹部疼痛;或诉说头痛、头晕、心悸、胸闷、心前区不适或疼痛。严重者还可见到脸面浮肿、不能平卧、气促等心脏功能不全的表现。有些宝宝会突然心跳变慢，每分钟只有20～30次，导致了急性脑缺血，引起抽风发作或意外发生，直接威胁到生命。
1.急性期
新发病，临床症状明显而多变，病程多不超过6个月。轻型症状，以乏力为主，其次有多汗、苍白、心悸、气短、胸闷、头晕、精神不振等。检查可见面色苍白、口周可有发绀、心尖部第1心音低钝、可见轻柔吹风样收缩期杂音、有时有期前收缩。中型较少。起病较急，除前述症状外，乏力突出，年长儿常诉心前区疼痛。起病较急者可伴恶心、呕吐。检查见心率过速或过缓，或心律不齐。患儿烦躁、口周可出现发绀、手足凉、出冷汗。心脏可略大，心音钝、心尖部吹风样收缩杂音，可有奔马律和(或)各种心律失常。血压低、脉压差低，肝增大，有的肺有罗音。重型少见，呈暴发性，起病急骤，2天内出现心功能不全或突发心源性休克。患儿极度乏力、头晕、烦躁、呕吐、心前区疼痛或压迫感。有的呼吸困难、大汗淋漓、皮肤湿冷。小婴儿则拒食、阵阵烦闹、软弱无力、手足凉、呼吸困难。检查见面色灰白、唇绀、四肢凉、指趾发绀、脉弱或摸不到、血压低或测不到。心音钝，心尖部第1心音几乎听不到，可出现收缩期杂音，常有奔马律、心动过速、过缓或严重心律失常。肺有罗音、肝可迅速增大。有的发生急性左心力衰竭、肺水肿。病情发展迅速，如抢救不及时，有生命危险。
2.迁延期
急性期过后，临床症状反复出现，心电图和X线改变迁延不愈，实验室检查有疾病活动的表现。病程多在6个月以上。
3.慢性期
行性心脏增大，或反复心力衰竭，病程长达1年以上。慢性期多见于儿童，有的起病隐匿，发现时已呈慢性;有的是急性期休息不够或治疗不及时而多次反复，致成慢性期。常拖延数年而死于感染、心律失常或心力衰竭。