治疗脱肛，首先要抓紧对孩子脱肛的病因(如腹泻或便秘等)进行积极的治疗。对于有脱肛病史的孩子，要避免让他选择蹲的姿势进行排便，稍大一些孩子可以让他坐在高脚痰盂上排便，或将普通痰盂置于板凳上，这样可以在孩子排便时尽量不使孩子的髋关节屈曲。脱肛严重时也可使孩子采取侧卧或仰卧位排便，使直肠不易脱出，一般坚持1～2个月就可痊愈。
如果发现孩子在排便之后发生直肠脱落时，家长应及时为孩子进行手法复位。复位之后直肠又立即脱落或平时直肠一直脱落在肛门外者，须在复位之后可用消毒纱布叠成厚垫压住肛门口，然后将臀部两侧用胶布将其拉紧粘住，并嘱咐小儿卧床休息1～2周。如果孩子能够坚持卧床排便，往往肛门直肠不再脱出，再坚持半蹲的姿势排大便，一般1～2个月即可痊愈。
与此同时，要注意改善孩子的营养状况，引导孩子进行适量的体育锻炼，增强腹肌和肛门周围肌肉的收缩功能。还需要注意培养小儿的规律的生活习惯，培养定时大便的良好习惯，防止便秘的发生。