根据发病季节、病史(包括喂养史和流行病学资料)，临床表现和大便性状，结合大便常规检查、细菌培养、补体结合试验、酶联免疫吸附试验及电镜检查等作出临床诊断。须判定有物脱水、酸中毒和电解质紊乱。
根据病史、体格检查和大便性状易于作出临床诊断。按照腹泻的病期和症状的轻重，作出分期、分型;并判断有无脱水及脱水的程度与性质、酸中毒和电解质紊乱，注意寻找病因，如喂养不当、肠道内外感染等。
(一) 诊断依据
1.大便性状有改变，呈稀便、水样便、粘液便或脓血便。2.大便次数比平时增多。
(二) 根据病程分为
1.急性腹泻-病程在2周以内。2.迁延性腹泻-病程在2周至2个月。3.慢性腹泻-病程在2个月以上。
(三) 根据病情分为
1.轻型 无脱水、无中毒症状。2.中型 轻至中度脱水或有轻度中毒症状。 3.重型 重度脱水或有明显中毒症状。
(四) 病因学诊断
1、感染性腹泻
急性肠炎可根据大便性状、粪便镜检、流行季节及发病年龄估计最可能的病原，以作为用药的参考。流行性腹泻水样便多为轮状病毒或产毒性细菌感染，尤其是2岁以下婴幼儿，发生在秋冬季节，以轮状病毒肠炎可能性较大;发生在夏季，以 ETEC 肠炎可能性大。如粪便为粘液或脓血便，应考虑侵袭性细菌感染，如 EIEC 肠炎、空肠弯曲菌肠炎或沙门菌肠炎等,骨关节病。
有条件的单位应进行细菌、病毒及寄生虫等病原学检查。大便镜检有较多白细胞者可做大便细菌培养;疑为病毒性肠炎者可取急性期( 发病3天以内) 大便滤液或离心上清液染色后用电镜或免疫电镜检查;还可用免疫学的方法(如ELISA，固相放射免疫法等)检测粪便中病毒抗原，血清中特异性抗体。病毒RNA凝胶电泳，可直接从粪便中提取RNA，按特征性RNA图谱进行轮状病毒电泳分型，有长型和短型之分。各种病原肠道感染患者的血清学检查虽对临床帮助不大，但对流行病学调查和回顾性诊断颇有意义。病原明确后可按病原学进行诊断，如致病性大肠杆菌肠炎、空肠弯曲菌肠炎、轮状病毒肠炎等。
2、非感染性腹泻
根据病史、症状及检查分析可诊断为食饵性腹泻、症状性腹泻、过敏性腹泻等。
(五) 脱水的评估 根据临床表现、血液电解质及二氧化碳结合力测定，判断脱水程度、性质、电解质紊乱及酸中毒的情况。