小儿腮腺炎病原体为流行性腮腺炎病毒，直径约有90～135nm，系RNA病毒，属副粘病毒。此病毒具有V抗原(病毒抗原)和S抗原(可溶性抗体)，感染后1周在患者体内可出现S抗体，2周内达高峰，以后渐下降，可持续存在6～12个月，此抗体不具有免疫保护作用。V抗体出现晚，病后2～3周才可测得，4～5周达高峰，2年后仍可测出，此抗体对患儿具有免疫保护作用。
本病毒在乙醇、甲醇、1%来苏液中经数分钟可被杀灭，用紫外线照射可迅速死亡。在冷冻的条件下可生存较久，-45℃可生存9个月，4℃可保持活力2个月，在37℃只能生存24小时。此病毒还可在鸡胚羊膜腔和各种组织(人和猴)培养中增殖，在一定条件下能与豚、鸡、羊等的红细胞发生凝集反应。
其他病毒也可引起急性腮腺炎的报道日益增多。如A组柯萨奇病毒(1957年Howlett)、副流感病毒(1970年Zollar)、单纯疱疹病毒(1975年Coffin)、A型流感病毒(1977年Stuart)、乙脑病毒(1981年段恕诚)等。1995年杜维波等报道柯萨奇病毒引起腮腺炎42例。