肝囊肿多数是体检做超声波检查时发现的。肝囊肿定期复查时，B超也是首选的、经济可靠而非侵入性的简单方法。
症状方面
多数没有不适症状。病史方面：多数无肝炎及肝硬化病史。
化验方面
AFP阴性，肝功能多数正常;肝囊肿一般不导致肝功能异常，肝功化验检查对体积较小的肝囊肿的诊断价值不大;发现肝囊肿后，应取血查甲胎蛋白，以协助排除原发性肝癌。
影像检查方面
B型超声检查几乎可以发现所有肝囊肿，对肝囊肿的检出率可达98%，同时可以鉴别肝包虫病。在定性方面，超声波检查CT更准确;但要全面了解囊肿的大小、数目、位置，特别是那些需要进行手术治疗的巨大肝囊肿，CT优于B超检查。B超或CT诊断肝囊肿十分可靠，一般不必做过多的检查，若根据病情需要，可行腹腔动脉造影、胃肠造影、核磁检查。
肝囊肿是常见肝脏良性疾病，而且囊肿一般不会癌变，多数不损害肝功能，小囊肿也不会影响正常生活。由于目前没有特效药可以消除肝囊肿，所以也不必服药治疗，因此只需定期到医院进行复查，每年1-2次B超即可。