发现肝囊肿主要靠超声波检查。B型超声检查几乎可以发现所有肝囊肿，对肝囊肿的检出率可达98%。在定性方面，超声波检查比CT更准确;但要全面了解囊肿的大小、数目、位置，特别是需行手术治疗的巨大肝囊肿，CT优于B型超声。诊断肝囊肿，应首先进行简便无创伤的B型超声检查。其次根据需要选择X线检查，包括腹部平片、腹腔动脉造影、胃肠造影、CT和核磁检查。肝囊肿一般不导致肝功能异常，化验检查对肝囊肿的诊断价值不大。B超或CT诊断肝囊肿十分可靠，一般不必做过多的检查。发现肝囊肿后，应取血查甲胎球蛋白，以排除肝癌。