药物治疗无效，病情发展或发生并发症时，需手术治疗。溃肠性结肠炎需手术治疗的约占20%。
1、手术指征
有以下情况的应手术治疗。
① 结肠穿孔，大量出血积极治疗继续大出血，发现中毒性巨结肠积极治疗24小时无改进，应做急症手术。
② 急性暴发性和严重发作的积极治疗。脉搏超过100次，体温38℃以上，排粪每日超过9次。应在24小时内手术。或开始治疗有些好转，l周末临床表现明显，排粪带血每日超过4次，结肠仍有触痛，继续心动过速和发热，应手术治疗。
③ 慢性复发性结肠炎反复发作，经非手术治疗不能维持营养、正常工作和生活的病人。结肠有活动性溃疡、狭窄和假息肉，失去正常功能，持续腹泻，可做择期手术。
④ 儿童和青年长期患病，全身发育不良，消瘦，表现幼稚型，应早期手术。
⑤ 广泛结肠炎病程过10年，有狭窄症状。活组织检查高度发育异常。肠外并发症如关节炎等不断加重的病人，做择期手术。
2、急症手术
这类病人的病变广泛、病情严重，全身情况较差，手术目的是控制病情恶化，挽救生命。
① 次全结肠切除回肠和乙状结肠造口术，可明显缓解中毒症状和出血，并可切除穿孔的结肠。不切除直肠，不缝合乙状结肠断端，减轻病人的手术负担，防止缝合断端愈合不良和引起腹腔感染。
② 回肠断端造口只适用于全身和局部原因不能做次全结肠切除的病人，因结肠仍存在病变，不能解除中毒、出血和穿孔。
③ 回肠造口和横结肠造口或乙状结肠造口术，适用于急性中毒性结肠扩张不能耐受结肠次全切除的病人。结肠造口可以减低肠腔压力，防止穿孔。急症手术后病情好转，再做第 2期切除手术。急症手术死亡率超过30%。