细菌性肝脓肿鉴别诊断较困难，因临床上同有发热、白细胞增多等炎症反应，且肝脏肿大、肝区压痛的病变并不单仅肝脓肿一种。以就下列几种常见疾患，分别论述其与肿脓肿的不同点：
1.胆囊和胆道疾患：胆囊和胆道疾患常有急性发作史。如为单纯胆石症，则全身反应不显著而恶心呕吐常为突出的表现;而肝脓肿一般多不伴有恶心呕吐。急性胆囊炎常有明显的局部疼痛和压痛，且常能扪得肿大的胆囊;而肝脓肿则主要表现为肝脏之向上肿大，胆囊不能触及。胆总管结石伴有严重胆管炎者，临床上有时与肝脓肿甚相似，但胆管结石常伴有恶心呕吐及黄疸，在早期其肝脏的肿大和触痛常不明显，而横膈也无升高和活动限制现象。
2.右膈下脓肿：膈下脓肿与细菌性肝脓肿的鉴别更困难，术前之正确诊断有时几乎不可能。一般说来，细菌性肝脓肿的全身反应较之膈下脓肿尤为严重;在后者，寒战和间歇型的高热不如肝脓肿显著。相反，胸壁的疼痛在膈下脓肿较为显著，放射到肩部的现象比较经常，且呼吸时疼痛加剧的现象也较明显。膈下脓肿形成前几乎常有先驱病变如急性阑尾炎穿孔及溃疡病穿孔等;然而上述病灶也可以引致肝脓肿。
X线检查有时可对上述两种病变作出鉴别。一般单纯的膈下脓肿在前后位片上可见肋膈角模糊，侧位片上可见后侧的肋膈角模糊，而肝脓肿并有膈下脓肿者，在前后位片中可见心膈角模糊，侧位片上可见前面的肋膈角模糊。B型超声检查对诊断帮助更大。当超声和CT扫描不易鉴别时，磁共振冠状面图像可以确诊。
3.阿米巴性肝脓肿：一般说来，多发性细菌性肝脓肿与单发性细菌性肝脓肿在临床上也有不同表现，前者多有突然的寒战、高热及出汗，肝脏的肿大和压痛明显，白细胞增加较显著，黄疸也较多见;而单发性细菌性肝脓肿则上述表现均较轻微或缓和。同样，阿米巴性肝脓肿的临床表现较之多发性细菌性肝脓肿也较缓和，两者之间的鉴别多不困难。但阿米巴性肝脓肿与单发性细菌性肝脓肿的症状则颇多相似之处，两者之鉴别有时非常不易。
最重要的鉴别点在阿米巴性肝脓肿常有阿米巴性肠炎和脓血便病史，如在患者粪便中找到阿米巴滋养体，更具有诊断意义。此外，阿米巴性肝脓肿的症状较轻，白细胞增加不显著，且以嗜酸性者为多，病程较长，但贫血较明显;肝大明显，肋间水肿，局部隆起及压痛较明显。确实的诊断往往只有在穿刺抽得脓液以后，根据脓液的性质及细菌检查结果，方能作出最后结论。