患者除有上腹不适、腹痛、嗳气、恶心、便秘或腹泻等消化不良症状外，且有植物神经不平衡的表现，如心悸、失眠等，特别是症状常随情绪变化而波动，暗示治疗而缓解，提示本症的可能性。进一步胃肠道X线检查，显示整个胃肠道的运动加速，结肠袋加深，张力增强，有时因结肠痉挛，降结肠以下呈线样阴影。结肠镜检结肠粘膜无明显异常。
必须强调指出，诊断胃肠道功能紊乱要十分慎重，在作出诊断之前必须排除器质性疾病尤其是胃肠道的恶性病变。本症的多数患者情绪紧张，就医时述诉繁多，滔滔不绝，有的将症状写在纸上，唯恐遗漏。医生首先应耐心地听取和分析患者的陈述与患者亲友提供的情况，仔细进行体格检查与实验室检查。根据不同情况采取X线、内镜检查、胃液分析与粪便化验等手段。必要时应行超声、CT等检查以排除肝、胆、胰等腹腔脏器病变。对于新近发病的老年患者，尤应进行周到细致的检查，以防漏诊其他严重的器质性疾病。初步诊断为胃肠道功能紊乱之后，还需密切随访，经过较长时间观察才能肯定诊断。
功能性胃肠病的检查目的是排除器质性疾病。因此，根据患者的临床表现和病史、家族史等，往往需要做多项检查，其中包括：
1、实验室检查
血尿便常规、粪便隐血、生化常规、血沉等;必要时做结核感染相关的检查、肿瘤标记物检测、内分泌检查、幽门螺杆菌(Hp)检测等。
2、影像学检查
B超、钡餐造影、钡灌肠造影、胃肠镜、CT、核磁扫描等，必要时做PET-CT、胶囊内镜、小肠镜等。
3、其他
食管pH、高分辨阻抗分析、胃排空试验、胃肠排空试验、氢呼气试验、肛门括约肌压力测定、排粪造影等。