由于息肉的性质难从肉眼判断，故一般发现后应手术摘除或切取作病理学诊断，由于所在部位息肉或腺瘤大小、个数、有蒂或无蒂及息肉性质不同而选择不同治疗方案。
1.手术方法
(1)圈套凝切法
先吸净周围附着息肉的黏液和粪水，抽出并注入空气以置换肠道内可能含有的氢气、甲烷等，以防电灼时发生爆炸，近息肉张开圈套丝，避免套圈过于贴近肠壁，损伤肠壁致死穿孔，套入后抽紧套丝，根据蒂的粗细选择不同的电流功率，切割勿过快，切割慢止血完善。
(2)活检钳凝切法
对0.5cm的广基病灶，用活检钳全部咬住，上提使基底呈幕状的狭细假蒂，随后通电流凝固数秒钟，局部呈灰白色即可将活检钳咬紧拉下组织送病理检查。
(3)电凝器灼除法
多为0.5cm以下病灶，多属良性，对钳切不能切除者，可以电凝止血器接触后以凝固电流烧灼切除。但勿过深以免穿孔或迟发性穿孔，后者可发生于术后2～7天。
(4)手术治疗
息肉及息肉病的手术治疗一般包括：局部切除、肠壁切除、肠段切除、次全结肠或全结肠直肠切除。视息肉的多少、有无蒂及所在的部位而定：①有蒂单个作内腔镜下圈套、电灼(凝)或结扎摘除。对体积较大者，不易行圈套切除或切开摘除，亦可选择肠壁、肠段切除。②无蒂或广蒂者，位于腹腔反折以下者作局部切除，反折以上者切开肠壁包括基底部肠壁一并切除或肠段切除。③腺瘤病，包括家族性、非家族性，Gardner与Turcot病均有众多的肠瘤，易癌变且发生年龄早，如家族性腺瘤病一般50岁以前均全部癌变，故主张诊断为此病者全结肠直肠切除、回肠造瘘，但给较年轻患者带来终身的生活不便，故有人主张作全结肠切除回肠直肠吻合。
2.手术选择
内镜下切除有蒂息肉及无蒂息肉
有蒂息肉于结肠镜检时一并圈套摘除，无蒂息肉小的可电灼摘除，大的可黏膜下注生理盐水。圈套电灼摘除后常见并发症为术后出血，0.1%～0.2%。
术后1～3年随访1次
包括对进展性腺瘤原位癌者，或高度不典型增生。因腺瘤息肉淋巴管贯穿黏膜肌层，故伴重度不典型增生癌变者，均限于黏膜而无淋巴结转移。
有蒂息肉可圈套切除
无蒂息肉的处理为：①<0.5cm者可用活检钳凝除法将息肉全部切除，标本送病理检查;②0.5～1.0cm者可用圈套凝切;③如为多发性且逐一钳除不易者宜手术切除，肉眼判断为良性者，可采用电凝灼除法去除病灶。