药物也可以诱发或直接导致口腔溃疡。
1.润喉片
过多含服润喉片也会导致口腔溃疡，因为润喉片多含有薄荷或碘等成分，它们对口腔黏膜有直接的刺激作用，就像硫酸对皮肤的化学性刺激一样。因此口腔无炎症时，不要过多服用润喉片，以免导致口腔溃疡。
2.抗生素
很多广谱抗生素都可以诱发口腔溃疡，因为像氨苄西林、头孢氨苄、甲硝唑及替硝唑等广谱抗生素抗菌范围广，却缺乏针对性，容易造成菌群失调，真菌趁机得到滋长，从而发生口腔溃疡。若发现上述情况，要及时找医生咨询，尽量采取其他药物代替。
解热镇痛药物，如阿司匹林、双氯芬酸钠等，都有引发口腔溃疡的报道。解热镇痛药多是有机弱酸，对黏膜有刺激作用，同时也容易产生变态反应，导致口腔黏膜损伤。
另外，化疗药甲氨喋呤、长春新碱等也会导致口腔溃疡，化疗药多有细胞毒性，口腔黏膜生长比较迅速，因此，化疗药对其毒性也比较大，从而导致口腔溃疡。