一、小儿尿道下裂预防
出生缺陷是影响婴儿和儿童健康的重要原因，影响出生人口的素质，目前对本症尚无有效预防方法，为降低本症发生率，预防措施参照其他出生缺陷性疾病，出生缺陷性疾病的预防应从孕前贯穿至产前，如：
1.婚前体检在预防出生缺陷中起到积极的作用 作用大小取决于检查项目和内容，主要包括血清学检查(如乙肝病毒，梅毒螺旋体，艾滋病病毒)，生殖系统检查(如筛查宫颈炎症)，普通体检(如血压，心电图)以及询问疾病家族史，个人既往病史等，做好遗传病咨询工作。
2.孕妇尽可能避免危害因素 包括远离烟雾，酒精，药物，辐射，农药，噪音，挥发性有害气体，有毒有害重金属等，在妊娠期产前保健的过程中需要进行系统的出生缺陷筛查，包括定期的超声检查，血清学筛查等，必要时还要进行染色体检查，一旦出现异常结果，需要明确是否要终止妊娠;胎儿在宫内的安危;出生后是否存在后遗症，是否可治疗，预后如何等等，采取切实可行的诊治措施，本症由于环境污染，农作物大量使用化肥和促生长剂，尿道下裂在欧美报道有上升之势，国家应下大力气治理和防止环境污染问题。
二、先天性泌尿系畸形预防
先天性泌尿系畸形主要是先天性疾病，可能和遗传因素、及孕期的情绪、营养等具有一定的相关性，故本病无法直接预防。早期发现、早期诊断、早期治疗对预防本病具有重要意义。孕期应做到定期检查，若孩子有发育异常倾向，应及时做染色体筛查，明确后应及时行人工流产，以避免疾病患儿出生。