流行性感冒的流行及大流行期间可根据临床症状进行诊断，但流感早期散发病例要结合流行病学史、临床表现、实验室检查综合诊断。
一、诊断鉴别
1、其他上呼吸道病毒感染：起病较缓，症状较轻，无明显中毒症状等可初步鉴别。确诊有赖实验室检测。
2、急性细菌性扁桃体炎：扁桃体红肿并有渗出。培养可能分离出致病菌。
3、流行性脑脊髓膜炎：有明显季节性，儿童多见，有剧烈头痛，脑膜刺激征及皮肤瘀点，白细胞增高等，均可与流感相鉴别。脑脊液检查及细菌培养可确诊。
4、钩端螺旋体病：有一定地区性，多发生于收割水稻季节，农民多见，有腓肠肌疼痛、压痛或腹股沟淋巴结肿大压痛等为鉴别要点。
5、支原体肺炎：支原体肺炎和流感病毒性肺炎的X线表现相似。支原体肺炎病情较轻，冷凝集试验和MG型链球菌凝集试验可呈阳性，支原体培养及血清补体结合试验可确诊。
6、普通感冒：多种病毒引起，多为散发，起病较慢，上呼吸道症状明显，全身症状较轻。感冒俗称伤风，又称急性鼻炎或上呼吸道卡他，是以鼻咽部卡他症状为主要表现。成人多为鼻病毒引起，次为副流感病毒、呼吸道合胞病毒、埃可病毒、柯萨奇病毒等。起病较急，初期有咽干、咽痒或烧灼感，发病同时或数小时后，可有喷嚏、鼻塞、流清水样鼻涕，2~3天后变稠。可伴咽痛，有时由于耳咽管炎使听力减退，也可出现流泪、味觉迟钝、呼吸不畅、声嘶、少量咳嗽等。一般无发热及全身症状，或仅有低热、不适、轻度畏寒和头痛。检查可见鼻黏膜充血、水肿、有分泌物，咽部轻度充血。如无并发症，一般5~7天痊愈。
7、流感伤寒型钩体病：夏秋季多发，有疫水接触史，临床除发热外，腓肠肌压痛，腹股沟淋巴结肿大、压痛，实验室检查可通过显凝实验检测抗体，若抗体效价为1：400以上增高，考虑该病，通过血培养可诊断。
8、链球菌性咽炎：该病咽部红肿，扁桃体肿大，有脓性分泌物，颌下淋巴结肿大，WBC中性粒细胞增高，血培养。
9、其它病毒性呼吸道感染：如副流感病毒、腺病毒感染要通过病原学检查来区别。
10、支原体肺炎：也要通过病原学检查来区别。
二、检查方法
实验室检查：
1、病毒分离：起病3天内取咽部含漱液或咽拭子作鸡胚接种或组织培养分离病毒。
2、早期快速特异性检查：用免疫荧光染色或ELISA法检测抗原。取患者鼻洗液中的黏膜上皮细胞涂片，用IFA(免疫荧光染色)或ELISA法检测抗原，具有迅速、灵敏度高的优点，有助于早期诊断。如用单克隆抗体还能鉴定出甲、乙型流感。
3、血清学检查：取起病3天内和2～4周双份血清作血凝抑制试验或补体结合试验，恢复期抗体效价升高4倍以上有诊断价值。主要用于回顾性诊断和流行病学调查。
4.PCR检测流感病毒基因：由于所有流感病毒基因组的各个RNA节段的5'端和3'端均具有保守性，故可据此设计合成引物，进行PCR检测。
其他辅助检查：
PCR技术可直接从患者分泌物中检出流感病毒基因，比病毒培养法敏感、快速;但应注意可出现假阳性。出现心肌损害者，表现为心电图的异常。