确诊肛瘘具体要做的检查有两种，归纳如下
1、影像学检查：对临床疑有肛管直肠脓肿或瘘管17例6例临床上疑有脓肿，肛管超声AUS检查也有脓肿表现;另外82%(9/11)AUS查出有瘘管，而临床常规检查未能发现，Lunniss(1994)对比了AUS及磁共振成像检查，认为前者对括约肌间瘘有时有确诊价值，而无法确诊括约肌外瘘及经括约肌瘘，而后者对复杂性高位肛瘘蹄铁型肛瘘及临床难以确诊的疑难病例有绝对的优越性和准确率。
2、直肠指诊：在内口处有轻度压痛，少数可扪到硬结探针检查，只在治疗中应用一般不能作为诊断用，防止穿破瘘管壁造成假内口，X线造影自外口注入30%～40%碘油照相可见瘘管分布，多用于高位肛瘘及蹄铁形肛瘘。