肛瘘一般有急性肛门直肠周围脓肿的病史。脓肿自破或经手术切开排脓，从肛门皮肤外口或肛门内流脓，这些都是诊断肛瘘的主要标志。
1、触诊
低位肛瘘之瘘管，在皮下可以摸到绳状硬条，由外口行向肛门，用指按压，有脓液由外口流出。
2、望诊
可见外口常在肛门周围皮肤上或臀部形成一突起或凹陷。周围皮肤因脓液刺激，常有脱皮发红，有时有肉芽组织由外口内突出。周围皮肤红紫色，多为结核性瘘管。
3、直肠指检
常在肛管后侧、齿线附近可摸到中心凹陷的小硬结，有轻微压痛，即是原发内口。
4、确定内口位置
因内口是肛瘘的原发病灶，必须准确定位其内口部位和弄清其数量，如检查不清或定位错误，必然会导致治疗失败。因此在瘘检查中正确判断内口的位置及数量，对治疗具有重要的意义。
确定肛痿的内口位置时，可以采用病理检查和细菌培养、从病史上判断内口的位置、碘油造影、肛门镜检查、根据外口与肛门的距离来判断内口的部位、染色检查、通过探针检查及通过触诊可以帮助了解内口的位置等方法。
5、确定瘘管的深度与括约肌的关系
由于肛瘘的管道通过外括约肌和肛提肌，有时管道在内括约肌之间走行，手术中切开管道，必然要切开有关的括约肌。特别是通过肛门直肠环的瘘管，切开肛门直肠环，术后会引起肛门失禁。因此在检查中必须弄清瘘管走行与肛门括约肌的关系。
6、确定瘘道主体与支体的变化
在肛瘘检查中，不能单纯从内口的数目，或瘘管是直的还是弯曲的，或者从病变的一个平面上了解病变的全貌;有时从肛门外部看，仅一个外口，症状也不明显，但可能是瘘管很深，内口寻求比较困难的复杂性肛瘘;有时瘘外口较多，肛门皮肤病变较大，但其主管很低，属于容易处理的简单肛瘘。因此对肛痿的诊断要具体细致。
7、全身检查
肛瘘虽然表现为局部病变，但也与全身情况或某些疾病相联系，绝不能忽视全身检查。活动性肺结核患者发生肛瘘，往往为结核性肛瘘，且术后创口愈合较慢;骶髂骨结核患者发生的肛瘘，有可能是骨结核所引起的;非特异性溃疡性结肠炎，有时也因并发肛门脓肿，破溃后形成肛瘘等。对复杂性肛瘘更应注意全身检查，必要时作细菌培养和抗生素敏感试验，并注意血沉、血象变化。或进行肛门括约肌功能测定。对某些可疑病例，还应作活组织病理检查，以确定肛瘘的性质，并要特别观察有无癌变。
8、鉴别诊断
对其进行治疗时，应与骶骨部瘘、骶髂骨结核、肛门周围化脓性疾病、会阴部尿道瘘及先天瘘等病症鉴别开来。