肛瘘虽然表现为局部病变，但也与全身情况或某些疾病相联系，绝不能忽视全身检查。活动性肺结核患者发生肛瘘，往往为结核性肛瘘，且术后创口愈合较慢;骶髂骨结核患者发生的肛瘘，有可能是骨结核所引起的。
肛瘘一般有急性肛门直肠周围脓肿的病史。脓肿自破或经手术切开排脓，从肛门皮肤外口或肛门内流脓，这些都是诊断肛瘘的主要标志。
一、望诊
可见外口常在肛门周围皮肤上或臀部形成一突起或凹陷。周围皮肤因脓液刺激，常有脱皮发红，有时有肉芽组织由外口内突出。周围皮肤红紫色，多为结核性瘘管。
二、触诊
低位肛瘘之瘘管，在皮下可以摸到绳状硬条，由外口行向肛门，用指按压，有脓液由外口流出。
三、直肠指检
常在肛管后侧、齿线附近可摸到中心凹陷的小硬结，有轻微压痛，即是原发内口。
四、确定内口位置
因内口是肛瘘的原发病灶，必须准确定位其内口部位和弄清其数量，如检查不清或定位错误，必然会导致治疗失败。因此在瘘检查中正确判断内口的位置及数量，对治疗具有重要的意义。
1.从病史上判断内口的位置：如有多个外口，首先应了解到哪一个外口是先发生的。往往从第一个外口用探针探查，可以通过主管而找到内口。
2.通过触诊可以帮助了解内口的位置：肛门周围脓肿破溃或切开排脓后，大约经过2～3个月形成瘘管管壁。如果瘘管位于表浅部位，通过触诊可以触到条索走行，顺着向肛门走行的条索，可以发现内口的部位。如果在肛门外触诊没有触到条索，常常说明瘘管管道较深，可通过肛门内指诊，在肛管直肠环的部位可以触到病变的较大瘢痕或条索状瘢痕，在瘢痕部位的隐窝处。常为内口部位。
3.肛门镜检查：用双叶肛门镜张开肛门，可见内口所在肛窦红肿、发炎、变深，用钩状探针轻轻探查，不难找到内口。
4.探针检查：主要探明瘘管走行方向、深浅和内口的位置。探查直瘘时，将探针从外口伸入，食指深入肛管，指尖按在可疑内口处，探针从内口探出。若弯曲瘘管或复杂的瘘管行径弯曲，探针不易探过，可用银制细软探针探查。探查不可用力太猛，以免造成假瘘道和假内口。
5.染色检查：本法寻找内口准确，临床上有重要价值。
具体方法是：先将盐水纱条放入直肠，再用1%双氧水加龙胆紫液，或用1%亚甲蓝溶液，从瘘管外口注入，观察内口有无染色液流出，跟据纱布染色的位置，即可判断内口位置。如纱布条无染色，也不能肯定无内口。管道弯曲，受括约肌收缩影响。被脓液阻塞，或内口暂时闭合，使染色溶液不能通过内口，无法染色于纱布。手术时应加以注意。
6.碘油造影：从肛窦外口注入30%～40%碘油或12.5%碘化钠溶液，然后摄片。可见瘘管深浅分支与邻近器官的关系。此法多用于高位复杂性肛瘘，一般肛瘘不作为常规检查。
7.病理检查和细菌培养：可帮助诊断和指导治疗。
8.根据外口与肛门的距离来判断内口的部位：经过肛门中部画一横线，如外口在横线之上，离肛门不超过5cm，其内口在肛门齿线上与外口相互对应;如外口距离肛门超过5cm或外口在此线之后，这些瘘管多数是向后弯曲的，内口常在肛管后中线上。
五、确定瘘管的深度与括约肌的关系
由于肛瘘的管道通过外括约肌和肛提肌，有时管道在内括约肌之间走行，手术中切开管道，必然要切开有关的括约肌。特别是通过肛门直肠环的瘘管，切开肛门直肠环，术后会引起肛门失禁。因此在检查中必须弄清瘘管走行与肛门括约肌的关系。
六、确定瘘道主体与支体的变化
在肛瘘检查中，不能单纯从内口的数目，或瘘管是直的还是弯曲的，或者从病变的一个平面上了解病变的全貌;有时从肛门外部看，仅一个外口，症状也不明显，但可能是瘘管很深，内口寻求比较困难的复杂性肛瘘;有时瘘外口较多，肛门皮肤病变较大，但其主管很低，属于容易处理的简单肛瘘。因此对肛痿的诊断要具体细致。
七、全身检查
肛瘘虽然表现为局部病变，但也与全身情况或某些疾病相联系，绝不能忽视全身检查。活动性肺结核患者发生肛瘘，往往为结核性肛瘘，且术后创口愈合较慢;骶髂骨结核患者发生的肛瘘，有可能是骨结核所引起的;非特异性溃疡性结肠炎，有时也因并发肛门脓肿，破溃后形成肛瘘等。对复杂性肛瘘更应注意全身检查，必要时作细菌培养和抗生素敏感试验，并注意血沉、血象变化。或进行肛门括约肌功能测定。对某些可疑病例，还应作活组织病理检查，以确定肛瘘的性质，并要特别观察有无癌变。
八、鉴别诊断
1.会阴部尿道瘘：尿道球部瘘管与皮肤相通，常在会阴部尿道三角内。排尿时有尿自瘘口流出。直肠内无内口，常有损伤史及尿道狭窄。
2.骶骨部瘘：位于骶骨前凹内，由骶骨骨髓炎造成的骶骨与直肠之间的脓肿。脓液由尾骶骨附近穿破，瘘口常在尾骨尖的两侧，与尾骨尖平齐，瘘管与直肠平行，皮下支管成“Y”字形。
3.先天瘘：由骶尾部囊肿生脓破溃而成，原发外口常在臀沟中点、尾骨尖处。由胚胎发生，瘘内可见毛发。
4.肛门周围化脓性疾病：形成皮下多发复杂性窦道。病变在肛门皮肤和皮下层，可汗腺、毛囊有化脓性炎症。皮肤可见暗褐色、大面积慢性炎症。切开排脓可加速治愈。有瘘道，常不深。
5.骶髂骨结核：此病系艇髂骨结核，形成寒性脓疡。常在肛门后破溃，流出稀薄脓汁。管道较深，通过直肠后间隙，可出现腰疼，血沉快，长期低烧，消瘦等症状。骨平片可见有骨质破坏。