肛瘘的诊断不困难，但要正确地寻找到瘘管的走向、瘘管的内口却是不太容易的。因此，掌握正确的检查方法非常重要。
如何正确诊断肛瘘
①肛窦钩检查：以窥器伸入肛门，可见有红肿炎症的肛窦，内口多在此处。用肛窦钩反复检查肛窦，不难找到内口。探时忌用暴力，以免穿破正常肛窦，造成新的感染内口。
②探针检查：用探针从瘘外口伸入瘘管，食指伸入肛管，多数探针可在齿线处的内口穿出。对瘘道弯曲者，探针多不能顺利穿过，切忌用力过猛，使探针穿破瘘管壁，造成新的感染。
③美蓝标记：将一块适中的纱布放置于肛门内，而后将5%的亚甲蓝水溶液由外口注入瘘管，然后轻轻将纱布拉出，观察内口的位置。尔后，用窥器扩开肛门，在齿状线附近，着色最显着处，以肛窦钩或探针探查，多数可发现内口。
④其他：如X线检查、肛管压力测定等检查方法，较少用，有条件者也可采用。