造血干细胞移植术后两年内是免疫功能低下期，极易发生感染。应注意预防感染。感染最常发生的部位是呼吸道和消化系统。
预防呼吸系统感染最有效的措施是戴口罩，少去/最好不去人群较多的场所。
外出一定要戴口罩。在移植后初期家居最好也尽量戴口罩。这点非常重要。就有这样的案例，移植非常顺利，病人就大意了，外出也不戴口罩了，结果引发急性呼吸系统感染导致最终不治。一个年轻的生命就因为这一点小小的疏乎而早逝，相当可惜。
居室内要放置空气净化器，每天开窗通风，避免接触感冒人群，最好自己住独立房间，其他人进病人房间要戴口罩和手套，室内不放植物和动物。移植后初期病人起居最好都在自己房间，包括大小便、洗漱等。卫生间其实是家里最不卫生的场所。有这样的案例，病人家居甚尊医嘱，但还时常感冒。大夫很是奇怪，最后一再追问，原来独有病人的小孩(几岁)未尊医嘱经常接触病人，致使病人反复感冒/感染。
预防消化道感染的方法是注意饮食卫生。
最好不要吃剩饭剩菜，不吃外面买的熟食、直接食用的成品，如火腿肠等。夏天不吃凉拌菜，水果要吃皮厚不易腐烂的品种，如：苹果、橙子、皮厚的西瓜、哈密瓜等。如有轻度腐烂应坚决避免食用。有很多案例，病人术后实在难忍“美食”的诱惑而开忌，总心存侥幸而最终导致腹泻、发热。
如果出现感染表现，应及时与自己的主治医生联系，尽早治疗。切不要自行处理，以免耽误病情，造成更大的损失。