要与其他病因的关节炎、亚急性细菌性心内膜炎、心肌炎等疾病鉴别。
1.其他病因的关节炎
(1)类风湿关节炎：为多发性对称性指掌等小关节炎。其特征是伴有“晨僵”和手指纺锤形肿胀，后期出现关节畸形。临床上心脏损害较少，但超声心动图检查可以早期发现心包病变和瓣膜损害。X线显示关节面破坏，关节间隙变窄，邻近骨组织有骨质疏松。血清类风湿因子阳性。
(2)脓毒血症引起的迁延性关节炎：常有原发感染的症候，血液及骨髓细菌培养多呈阳性，且关节内渗出液有化脓趋势，并可找到病原菌。
(3)结核菌感染过敏性关节炎(Poncet病)：体内非关节部位有确切的结核感染灶，经常有反复发作的关节炎表现，但一般情况良好，X线显示无骨质破坏。水杨酸类药物治疗症状可缓解但反复发作，经抗结核治疗后症状消退。
(4)结核性关节炎：多为单个关节受累，好发于经常活动受摩擦或负重的关节，如髋、胸椎、腰椎或膝关节，关节疼痛但无红肿，心脏无病变，常有其他部位的结核病灶。X线显示骨质破坏。可出现结节性红斑。抗风湿治疗无效，抗结核治疗有效。
(5)白血病、淋巴瘤和肉芽肿：据报道白血病可有10%病例出现发热和急性多发性关节炎症状，且关节炎表现可先于周围血象的变化，因而导致误诊。应注意血象和骨髓象的变化。其他淋巴瘤和良性肉芽肿也有类似的报告。
(6)莱姆病(Lyme病)：此病是由蜱传播的一种流行病。通常在蜱叮咬后3～21天出现症状。临床表现为发热，慢性游走性皮肤红斑，反复发作性不对称性关节炎。多发生于大关节，可有心脏损害，多影响传导系统，心电图示不同程度的房室传导阻滞。亦可出现神经症状，如舞蹈症、脑膜脑炎、脊髓炎、面神经麻痹等。实验室检查循环免疫复合物阳性，血沉增快。血清特异性抗体测定可资鉴别。
2.亚急性感染性心内膜炎
多见于原有心瓣膜病变者。有进行性贫血，脾脏肿大，瘀点瘀斑，杵状指，可有脑、肾或肺等不同部位的栓塞症状，反复血培养阳性。超声心动图可在瓣膜上发现赘生物。
3.病毒性心肌炎
发病前或发病时常有呼吸道或肠道病毒感染，主要累及部位在心肌，偶可累及心包，极少侵犯心内膜。发热时间较短，可有关节痛，但无关节炎。心尖区第一心音减低及二级收缩期杂音。心律失常多见。无环形红斑、皮下结节等。实验室检查示白细胞减少或正常，血沉、ASO、C反应蛋白均正常。补体结合试验及中和抗体阳性。心肌活检可分离出病毒。
4.链球菌感染后状态(链球菌感染综合征)
在急性链球菌感染的同时或感染后2～3周出现低热，乏力，关节酸痛，血沉增快，ASO阳性。心电图可有一过性过早搏动或轻度ST-T改变，但无心脏扩大或明显杂音。经抗生素治疗控制感染后，症状迅速消失，不再复发。
5.系统性红斑狼疮
本病有发热、关节痛、心脏炎、肾脏病变等，类似风湿热，但有对称性面部蝶形红斑，白细胞计数减少，ASO阴性，血中抗核抗体、抗双链DNA抗体，有时有抗Sm抗体阳性，有助于排除本病。