该病通常的治疗方法是激素软膏(如肤轻松软膏、尿素软膏等)外搽，可暂时控制症状，但容易反复。
中医针对肛门湿疹早期(急性)湿热壅盛和后期(慢性)肛周皮肤血虚、血热，肌肤失于濡养的特点，分别运用清热燥湿、止痒和养血祛风、止痒的治疗原则，采用中药浸泡肛门湿疹区域，常能获得较好的疗效。
急性期
苦参30克，明矾10克，百部15克，白藓皮15克，蛇床子10克，黄柏15克，鱼腥草20克，生甘草20克。慢性期：苦参30克，百部15克，白藓皮15克，蛇床子10克，当归20克，生地20克，丹皮10克，白芨15克，生甘草20克。
用法
煎水浸泡肛门，每日一剂，每日两次，每次10-15分钟。急性湿疹10-15天为一疗程，慢性湿疹30天为一疗程。必要时进行第二个疗程。
值得注意的是，少数患者因瘙痒难忍，而用过热的开水和用力搔抓，力图以此来缓解瘙痒症状，上述方法均会加速肛周皮肤的老化，弹性降低，呈松树皮状，治愈难度加大。肛门湿疹患者也不能使用高锰酸钾(PP粉)水坐浴，其强烈的氧化作用使皮肤老化，急性湿疹因此很快进入慢性期。
临床上有许多患者由足癣(脚气)传播引起，肛门湿疹患者应积极治疗足癣，浴盆分开，避免交叉感染。此外，尚有蛲虫病可出现肛门瘙痒，多为儿童患病，夜间发作，注意鉴别。
预防本病，应做到便后及时清洗肛门，并及时擦干;积极治疗肛周感染性疾病，避免因分泌物反复刺激，导致本病。