根据患者有不洁性接触史，尿道炎症状较淋病轻，分泌物检查找不到淋球菌，高倍镜下(400X)白细胞10～15个以上，油镜下(1000X)白细胞5个以上即可初步诊断，有条件者可应用荧光标记的单克隆抗体(直接荧光抗体法)检测上皮细胞内的衣原体包涵体，或应用多聚酶链式反应(PCR)检测衣原体和支原体DNA，衣原体和支原体培养进一步确诊。
以下是非淋菌性尿道炎的具体诊断方法
1、除外淋菌尿道炎，尿道分泌物涂片GRAN染色未见白细胞内外GRAN阳性，双球菌培养无淋菌生长。
2、病史，有尿道分泌物及排尿困难史。
3、体格检查，有脓性，粘液脓性或白色尿道分泌物。
4、实验室检查，尿道分泌物GRAM染色，在1000倍显微镜视野下多形核白细胞数大于五个。
5、女性用窥阴器充分露暴宫颈，第一根拭子将宫颈表面分泌物擦掉，第二根拭子插入宫颈1-2cm，旋转10s，停2-3s，取出拭子，不要碰阴道壁。