1.非特异性慢性盆腔炎
多有分娩，流产，急性盆腔炎病史，月经量一般较多，闭经极少见;生殖器结核多为不孕，月经量减少甚至闭经，盆腔检查时可触及结节。
2.慢性输卵管炎
临床表现为月经异常，下腹隐痛，腰骶酸痛，不孕等，应与结核性输卵管炎鉴别，慢性输卵管炎多有分娩，流产后急性盆腔炎史，月经量较多，而表现为闭经者较为少见，没有其他结核性输卵管炎典型检查所见，子宫内膜活检无结核病灶。
3.子宫内膜异位症
有继发性，进行性痛经，经量较多，腹腔镜检查多能确诊。
4.卵巢肿瘤
结核性炎性附件包块表面不平，有结节感或乳头状突起，应与卵巢癌相鉴别，可经腹腔镜检查或剖腹探查确诊。
5.输卵管癌
输卵管癌与输卵管结核性肿块在妇科检查时很难区别，若有阴道排黄色或血性液体且数量较多时，应考虑输卵管癌，剖腹探查时将标本送病理检查可明确诊断。
6.输卵管妊娠
临床上表现为停经，腹痛等易与输卵管结核相混淆，一旦输卵管妊娠破裂或流产时，即有内出血症状，做血及尿妊娠试验，B型超声检查，诊断性刮宫有助于明确诊断。