肛门大肠容易患疾病，在儿童尤以先天性畸形居多，如果处理不当，对儿童的生长发育会产生长远的影响。儿童肛肠病的种类繁多，主要有下列几种。
1、先天性肛门直肠发育畸形
俗称先天性无肛。是胎儿的肛门直肠发育出了问题，未能形成正常的肛门直肠，它分为高、中、低三种位型。该病常伴有控制排便的肛门括约肌缺损，直接影响生活质量。
2、先天性巨肠症
它是胎儿的直肠、结肠、乃至小肠的粘膜下层和肌间缺乏神经节细胞，病肠失去有规律的蠕动，新生儿出生后即出现便秘、腹胀，如不及早诊治可发生结肠炎，甚者可肠穿孔而危及生命。
3、肠息肉样病变
最常见的是直肠幼年性息肉，这种肠息肉的病变不仅是儿童便血的原因之一，而且有的息肉会有癌变的倾向性。
4、肛瘘
肛瘘是皮肤细菌或肠道细菌引起的肛周感染，少数是结核杆菌感染或外伤所致。有的女婴有肛门的直肠前庭瘘也是细菌感染所致。
5、便秘
便秘是症状，许多疾病伴有便秘，如前述的先天性巨结肠症、无肛病等。儿童便秘经过检查排除器质性病变，如找不到引起便秘的原因，则属于功能性便秘。据文献报道80—90%的儿童便秘为功能性便秘。