治疗途径分为全身治疗和局部治疗，总体上，目前治疗CA仍以外用疗法直接去除CA损害为主，内用疗法为辅助治疗方法，其中外用疗法中慎用毒性大和易遗留瘢痕的方法。治疗方法分为化学疗法、外科/物理方法、免疫疗法等。
包括冷冻、电外科、外科切除、微波、激光及光动力学治疗等。
1、 液氮冷冻或CO2干冰治疗
冰冻治疗的方法有：无开放创面、疼痛轻、出血少、愈合快、无瘢痕及狭窄形成等。常用于较干燥区域，如外生殖器、肛周、尿道口、阴茎体、大腿内侧。阴道内避免使用，10—30s/次，重复几次，间隔7---14d可以重复使用。如果病变范围较大，应分次冷冻治疗，若冷冻后的创面过大(直径大于2厘米)，会延期愈合，增加感染机会。
2、 激光治疗
CO2激光输出波长为10.6um，利用其物理特性，起到切割、汽化、烧灼作用。作用聚焦后光束能准确去除病变组织，对正常组织损伤较小。由于激光的热凝固作用，在切割、汽化组织的同时可以封闭小血管、淋巴管，从而起到很好的止血效果及防止HPV通过血管与淋巴管循环转移。同时根据HPV耐冷不耐热的特点，激光产生的高温有杀灭此病毒的作用。而激光治疗与病损组织无机械性的接触，术后感染机会大大降低，不至于造成人为性的感染扩散。故CO2激光治疗CA具有一次性治愈率较高，止血效果好，创面愈合快的特点。特别对阴道壁、宫颈口、尿道口的CA病灶的治疗具有快速、准确去除病损的独到之处。
3、微波治疗
微波治疗仪的作用机制：CA的治疗抑消除疣体的症状为主，微波是一种非电离性高频电磁波，具有特殊的生物学效应及优良的止血作用，微波治疗可以产生凝固，热效应和非热效应，它以生物组织本身为热源，产生不导电的热，从而达到凝固、止血、烧灼的效应，使CA皮损完全消失而治愈。
4、光动力治疗
δ- 氨基酮戊酸光动力疗法(ALA-PTD)：ALA-PTD ALA-PDT是利用血红蛋白合成中ALA经过一系列酶促反应后产生原卟啉(Pp)等光敏物质的原理，给于大量外源性ALA，肿瘤细胞或生长旺盛的细胞选择性吸收ALA，并在细胞中转化为内源性Pp，后者在特定波长红光照射下，使细胞产生活性单肽氧，从而杀伤肿瘤细胞或生长旺盛的细胞，而对正常细胞无影响。
5、外科治疗
包括高频电离手术治疗仪、高频电刀等。高频电离手术治疗仪是用触头与组织的间隙所形成的极高电场强度是气体分子电离，病变组织凝固或碳化坏死。它有短火档和长火档，短火击穿力强，火花小，在输出的瞬间产生高温，可破坏组织内部和基底部的增生细胞。长火击穿力弱，火花大，对组织表面破坏能力强，可快速去除增生样奥生物，且止血好。根据治疗需要交替使用短火档、长火档，相得益彰。术后用抗生素治疗3~6天，可预防和减少手术创口感染。
该方法与一般手术切除相比有以下优点：
(1)因疣蒂被钳后疣体供血中断，加上治疗机的电凝作用，术中不易出血;
(2)只对疣蒂进行烧切，操作简单，手术时间短，患者痛苦轻;
(3)疣蒂以下的真皮层未受损上，创口愈合不留瘢痕。对单个巨大疣体可以进行外科手术切除，由于病毒侵犯皮肤全层，切除时切口皮瓣游离要求在无张力的情况下缝合。尤其对巨大疣体，手术时尽量保留皮岛，以免影响术后切口愈合、