尖锐湿疣主要是HPV病毒感染所致，让他对HPV感染引起的免疫应答，包括细胞免疫与体液免疫两个方面。
一、细胞免疫
人体细胞免疫状态是影响CA发生、转归的重要基础之一。细胞免疫比体液免疫更为重要。临床上伴细胞免疫缺陷的尖锐湿疣患者皮疹常持续不退，其外周血中抑制性T细胞数增多NK细胞功能低下，r-干扰素和白细胞介素2产生减少，而消退疣皮损中常常出现活化T细胞和NK细胞的浸润，部分角朊细胞HLA-DR阳性。
免疫抑制或免疫缺陷时，生殖器HPV感染和HPV相关疾病的发生率均增加。尖锐湿疣中辅助性T细胞耗竭，CD4/CD8比值倒置，其值<1。在CA病人的外周血中，发现抑制/细胞毒性T细胞百分率显著增高，辅助/诱导性T细胞的比值和辅助/抑制T细胞比值均降低。宫颈CA和宫颈上皮内瘤样病变(CIN)病损中朗格罕细胞明显减少。CA中NK细胞 产生r-干扰素和白介素-2减少。鲍温样丘疹病和肛门生殖器癌者中NK细胞对含有HPV-16的角朊细胞的溶解活性下降，可能是对疾病特异性靶细胞的识别缺陷所致，宫颈CA的角朊细胞不表达MHCⅡ型抗原(HLA-DR)，无此抗原提呈功能可以破坏免疫监视作用。
二、体液免疫
目前血清学检测结果显示：①抗晚期蛋白抗体产生率为25%-65%，较抗早期蛋白抗体产生率高;②检测出的HPV抗体似有型特异性，无交叉反应;③抗HPV-16E7抗体与宫颈癌的存在有密切关系;④抗HPV-16E4抗体也是发生宫颈癌、复发或近期HPV感染的标志;⑤估计成人和儿童产生IgG抗体的阳性率相同，不同型别阳性率在10%-75%之间;⑥已证明HPV-16或18型肿瘤抗体阳性患者中，仅50%-70%可检出该抗体。
三、尖锐湿疣自然消退
对CA自然消退尚无系统评估，然而以安慰剂对照研究发现其自然消退率在0%，17%、18%和69%之间，CA消退或治愈后，仍有45%患者存在潜伏感染，其中67%患者复发。