绝大多数肥厚性心肌病患者有心电图异常，且早于超声心动图改变，但心电图诊断肥厚性心肌病的特异性有限，可作为初筛方法。对于肥厚性心肌病患者，12导联心电图可提供筛选和诊断的依据，其中左房增大，胸前导联病理性Q波以及左室前壁巨大倒置的T波最具诊断意义，而左室肥厚的心电图表现则无特异性。
在肥厚性心肌病发展过程中，病理性Q波可因发病初患者仅有室间隔肥厚，随后因左室流出道梗阻而引起左室游离壁肥厚，部分抵消室间隔除极向量而出现Q波由无到有、由浅而深，直至可能逐渐减小甚至消失。
肥厚性心肌病早期心电图基本正常或仅有T波改变;中期肥厚的心肌纤维异常粗大，排列紊乱，造成QRS向量与ST-T向量的方向相反，心电图形成倒置的T波;晚期，出现进行性左室肥大，可因心肌缺血引起原发性ST-T改变，尤其易被误诊为冠心病心肌缺血，肥厚性心肌病的ST-T改变，可以长时间稳定不变，而冠心病特别是心梗的ST-T改变有动态变化，可以辅助鉴别。绝大多数患者有ST-T异常：①间隔肥厚型心肌病可表现为：Ⅰ、avl、V4～6导联，Ⅱ、Ⅲ、avF导联病理性Q波，同导联T波可直立、低平或倒置;②普遍肥厚型心肌病表现为：V4～6 T波倒置或伴有Ⅱ、Ⅲ、avF导联T波倒置，其改变范围小;③心尖肥厚型心肌病主要表现为：Ⅰ、avl、V2～6导联巨大倒置T波(0.50～1.0mV)，V3～5导联，ST段下移，左室高电压，但一般无病理性Q波，巨大倒置T波的深度夜间比白天深，并且深度与P-R间期呈正相关，提示该心电图改变与交感神经活性有关。心尖部T波深倒可能与支配心尖部的交感神经活动减弱、心尖部心肌流量增加有关。
肥厚型心肌病患者较其他心肌疾病患者更易发生晕厥甚至猝死，导致原因主要有：①严重的心律失常。②左室流出道梗阻。
对肥厚型心肌病患者发生晕厥等严重临床症状的预测：Q-T间期延长，心尖区3/6级以上收缩期杂音，证实有左室流出道梗阻。
心电图出现病理性Q波，ST-T改变的原因很多，缺乏特异性，尤其在合并冠心病、心绞痛时难以区分，部分患者有发作性胸痛，心电图有病理性Q波、ST-T改变，极易误为冠心病不稳定型心绞痛，而遗漏肥厚型心肌病的诊断，所以无确切的心梗病史，心电图高度怀疑时应尽快行心脏超声等影像学检查，以明确诊断，以便尽早发现和治疗，提高患者的生活质量及改善预后。