中医根据肛周尖锐湿疣的疣体大小和具体情况，将肛周尖锐湿疣分为3型，即湿热下注证、外染毒邪证和气血瘀滞证。中医治疗通常是根据不同的病变类型，进行辨证论治以及加减治疗。
妙招一：苍术10g，黄柏10g，生苡仁30g，土茯苓30g，丹皮10g，通草10g，泽泻10g，马齿苋30g。中医治疗尖锐湿疣湿热重者，可加入龙胆草10g。大便不通者，可加入芦荟10g。此法主要用于湿热下注证。
妙招二：马齿苋60g，败酱草15g，紫草15g，大青叶15g，木贼草15g。另外，中医治疗尖锐湿疣皮损灰暗，或病程较长，可酌加蜂房、丹参、红花等活血化瘀之品。此法应用于外染毒邪证。
妙招三：桃红四物汤加减 桃仁10g，红花10g，川芎10g，当归10g，白芍10g，丹参10g 蜂房10g，柴胡10g，夏枯草30g。中医治疗尖锐湿疣气虚者，可加入生黄芪30g，补气解毒，提高机体免疫力。疣体坚硬者，可加入生龙牡各30g，以软坚散结。此法应用于气血瘀滞证。