少数肛周脓肿用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但多数需要手术治疗，手术有两种方式。
1、单纯性肛周脓肿的治疗
可在截石位或侧卧下，用局麻或腰麻，在脓肿部位做放射状切口，放出脓液后，伸入食指探查脓腔大小，分开其间隔。必要时将切口边缘皮肤切开少许，以利引流，最后用凡士林纱条放入脓腔做引流。
2、与肛瘘相通的肛周脓肿的治疗
可在切开脓肿后，用探针仔细检查内口，然后切开瘘管，适当切除皮肤和皮下组织，内口周围组织也稍加切除，使引流通畅。如内口较深，瘘管通过肛管括约肌，可采用挂线疗法。以上手术优点是脓肿一期治愈，不再形成肛瘘。但在急性炎症中，找内口有困难时，不应盲目寻找，以免炎症蔓延或形成假道，仅做切开排脓，待形成肛瘘后，再做肛瘘手术。二期手术优点是效果准确，治愈率高。
深部脓肿一旦形成后，内部压力逐渐增大，这时应早期手术，不仅可使脓腔早愈，防止蔓延，而且也不易形成肛瘘，即使形成肛瘘，也比较容易治疗。因此，深部肛周脓肿须尽早手术。
温馨提示：很多人对肛周脓肿领会的不够深入，往往把肛周脓肿当成“火疖子”来看待，以至于有的患者直到肛周脓肿发展成肛瘘，这一点患者们一定要注意。