肝移植是各种终末期肝病最好甚至是唯一的治疗方法，虽然肝脏作为免疫排斥反应的特惠器官，其排斥反应的发生程度明显小于小肠、心脏和肺脏等。但是，若不使用合理的免疫抑制剂，仍会导致移植失败。肝移植后的免疫抑制剂应用涉及到用药时机、初始诱导及维持治疗药物选择、联合用药以及疗程和剂量选择。
[诱导治疗和维持治疗]
肝移植后免疫抑制剂应用包括诱导治疗和维持治疗。常用的诱导治疗药物包括多克隆抗体、OK3、IL-2Rα和Campath。然而，目前并不是所有肝移植患者都进行了诱导治疗。一项对48家美国移植中心的调查显示：只有20%移植中心总是进行诱导治疗，65%移植中心有时会应用诱导治疗，而15%移植中心从不应用诱导治疗。常用的维持治疗药物包括糖皮质激素、环孢素、他克莫司、霉酚酸和mTOR抑制剂。目前应用较多的药物是糖皮质激素、他克莫司和霉酚酸，而一项荟萃分析显示，他克莫司优于霉酚酸。
[防治排斥反应]
肝移植的不良反应主要为排斥反应。排斥反应包括超急性排斥反应、急性排斥反应和慢性排斥反应。超急性排斥反应极其罕见，只是会发生在异种移植时，一旦发生没有有效的治疗方法，再次移植是唯一选择。急性排斥反应主要发生在诱导治疗期间，随着维持治疗时间的延长，急性排斥反应的发生率逐渐下降。防治急性排斥反应的主要方法是联合使用免疫抑制剂。目前最常用的联合用药方案为他克莫司或他克莫司联合霉酚酸酯/霉酚酸。慢性排斥反应多出现在移植手术半年以后，没有有效肯定的方法，有的病人可能会对他克莫司治疗有效。多数病人只能靠再次移植手术治疗。
[其他不良反应]
除了排斥反应意外，肝移植后不良反应还包括肾功能衰竭，其5年发生率为18.1%。为了预防肾功能衰竭的发生，应该避免停用神经贮钙蛋白药物，或者钙调磷酸酶抑制剂转为霉酚酸酯或西罗莫司。